為了降低疫情擴散的機會，中央流行疫情指揮中心逐步加強社會限制政策[316]，先後宣布公眾集會建議停辦標準、訂定「社交距離注意事項（英语：Social distancing measures related to the COVID-19 pandemic）」[317]、規定配戴口罩的場合等[318]。 確診數台灣 進入第三級疫情警戒後，新增防疫指引包括關閉各式公共場所、外出全程配戴口罩、停止部分家庭和社交聚會、啟動企業持續營運的因應措施、餐飲場所應落實規定或外帶等[95]。 若到了第四級疫情警戒，則進入非必要不得外出（英语：Cocooning 確診數台灣2023 (behaviour)）、全面停班停課、指定區域封鎖（英语：COVID-19 lockdowns）的階段[95]。 在此期間，食品藥物管理署建立「法規綠色通道」，縮短醫療器材上市時間[292]。
2020年3月19日，進入全球大流行並在西方國家出現失控情況後，要求國民入境實施「居家檢疫14天」，外籍人士限制入境[255][256]。 5月1日，「嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)」調整為第四類傳染病；且「中央疫情指揮中心」正式解編，並由衛福部成立跨單位防治聯繫會報持續「COVID-19」整備應變工作[232]。 8月8日，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）召開專家會議，正式宣布「6個月至5歲」（幼兒）輝瑞－BioNTech疫苗提供接種建議，以3劑基礎劑，每劑3微克(mcg)，第1劑與第2劑間隔至少4週，第2劑與第3劑間隔至少8週，並建議以同一廠牌完成應接種劑次[207]。 5月26日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，民眾使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，不分年齡及族群，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[190]。 即日起增加公費PCR篩檢服務診所，可以透過採檢地圖查詢，目前要先電話預約。
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診所名單已公布於衛福部疾管署全球資訊網「COVID-19防疫專區」、臺灣社交距離App及採檢地圖「COVID-19全國指定社區採檢院所地圖」[181][182]。 衛福部食藥署召開專家會議，核准輝瑞-BNT疫苗用於5至11歲兒童的基礎接種[179]。 3月22日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」於4月1日起2度停止運作，屆時不再提供民眾進行預約[165][166][167]。 12月11日，宣布首例「Omicron」境外移入個案，為一名30多歲女子，12月8日從史瓦帝尼入境，隨後又公布新增兩例個案，分別從英國、美國入境[137]。
疾病管制局提高位階改制為疾病管制署，增聘專業技術人員、教育人員、醫事人員，並與部會間有密切的協作機制[7]。 臺灣還增加傳染病防疫醫師的制度與訓練、儲備口罩與防護服等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發[8]。 同時政府修法建立「傳染病防治醫療網」，主要由隔離醫院、應變醫院、支援合作醫院等三種醫院組成[9]。 5月17日，台灣本土確診病例單日新增333例（校正後為535例）[65]，總確診數也在當日突破2,000例。 指揮中心解說「健保醫療資訊雲端查詢系統增列自主健康管理提示」運作方式，並再度提醒勿製造、轉傳虛假訊息，違者依《傳染病防治法》第63條[66]，最高可開罰新臺幣三百萬元以下罰金，或求處三年以下有期徒刑、拘役等刑罰。 在同日稍早，新北市和臺北市政府達成共識，宣布雙北高中職以下，全部停課[67]。
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期間也發生正在大陸配偶家庭[251][252]、及申請中華民國國籍的中國大陸戶籍人士入境問題[253][254]。 2月20日，實行「811天」的室內口罩令正式放寬，並剩下在「指定場所」的室內空間（包括醫療機構、醫事機構、老人福利機構、長照服務機構、榮譽國民之家、兒少服務機構、身心障礙服務機構、公共運輸及特定運具等8類指定場所），仍須全程佩戴口罩[228][229][230]。 12月2日，開放已完成接種「莫德納」或「輝瑞-BNT」（基礎劑）之「滿6歲至11歲」（兒童）接種「Moderna雙價疫苗」（原型株+ BA.4/BA.5）作為追加劑接種；並開放「滿5歲至未滿6歲」（兒童）接種「輝瑞-BNT單價疫苗」（兒童劑型）作為追加劑接[225][226]。 11月18日，開放「12歲以上」接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.4/BA.5變異株）[223]。 11月1日，開放12至17歲（青少年）接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1變異株）[220][221]。 9月24日，正式開放「65歲以上」（長者）、長照機構住民、「18歲以上」（免疫不全及免疫力低下者）接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1變異株）。
自 2016 年推出以來，Silicon Bridge EYEVACS 和 EYEPAY 越來越受歡迎。 全球已有約 160 確診數台灣 個地點使用這些搭載 Tinker Board S 的系統，包括韓國熱門的愛寶樂園和樂高樂園渡假村，並安裝於各種需要無人停車控制和繳費系統的環境中，如公寓大廈、旅館，甚至是政府辦公室。 尤其透過 EYEPAY 的雲端特性，停車場營運商將獲得全新能力，可針對遙遠且不同物理位置的系統動態管理收費。 系統還能提供其他新穎功能，例如透過 QR 碼優惠券提供停車折扣，並隨時管理數量，視情況調整或鼓勵使用停車服務。 停車問題存在已久，也可透過傳統系統解決，然而勞力密集性的傳統系統仰賴大量人力資源，如需要有人值守於出入口，或進行巡邏，確認繳費狀態並執行相關規定。 初步調查顯示，患者於潛伏期內曾到訪日本和台灣，惟根據病人提供的資料，他於潛伏期內只曾在香港有高風險接觸，故暫列可能本地個案。
確診數台灣: 本土疫情大規模爆發（三級警戒）
11月29日，指揮中心表示，經過「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）專家會議建議，考量「COVID-19疫苗」接種後之免疫保護力可能隨時間下降，建議接種「第三劑」疫苗，其中也以「6大族群」建議優先接種。 指揮官陳時中也直言，如果有需要出國且打疫苗不方便，可以彈性在滿「5個月」就施打。 並表示，建議已完成「2劑COVID-19疫苗」接種「65歲以上長者、長照機構住民與工作者、醫護人員、防疫工作人員、第一線高感染風險工作人員及容易感染與疾病嚴重風險者（即COVID-19疫苗公費接種對象第九類）」等應於第二劑6個月後，接種第三劑[130][131][132]。 2月12日，由於新加坡、日本出現「無旅遊史確診」個案，中央流行疫情指揮中心決議以回溯方式對留存檢體追加檢驗。
衛生福利部還為各級學校、幼兒園、實驗教育機構及團體、補習班、兒童課後照顧中心及托育中心提出防護建議及健康管理措施[368]。 這次防疫充分運用智慧科技防疫（英语：Use and development of software for COVID-19 pandemic mitigation），由行政院透過個人可識別資訊整合各部會資料庫[352]，建置出「智慧防疫系統」[353]。 同時行政院還成立「防疫大數據小組」，透過大數據、人工智慧、資料分析協助疫情調查與流行病學分析[354]。
確診數台灣: 確診阿兵哥「偽陽」想延假 被依軍法起訴
9月18日，指揮中心宣布，考量目前國內口罩產量已大幅提升，足夠供應每位國人所需，且有多元購買口罩管道，民眾透過實名制通路取得口罩的需求已大幅下降，因此「口罩實名制」網路/超商販售通路，將運作至第44輪後暫停服務。 藥局通路及無健保特約藥局的偏鄉衛生所，則仍持續維持實名制口罩販售服務[119]。 5月15日，宣布臺北市、新北市進入第三級警戒[95][96]，並宣布暫停自費接種「COVID-19疫苗」，原已預約者仍可接種[97]。 2020年12月1日，啟動「秋冬防疫專案」，強化「邊境檢疫」、「社區防疫」及「醫療應變」措施。
而在電信業者提供定位資料下，政府也曾向特定民眾發送災防告警細胞廣播訊息系統通知，提醒應當自主健康管理[363]。 為降低台灣社區傳播風險，及避免造成醫療體系負擔，秋冬防疫專案（2020年12月1日-2021年2月28日）將調整並持續執行[22]。 考量國際疫情、台灣防疫量能及商務經貿交流等需求，恢復非中華民國籍人士入境條件及桃園機場轉機作業[25]；恢復低/中低風險國家/地區的可入境人士來臺從事短期商務者申請縮短居家檢疫，但申請者仍須符合「短期商務人士入境申請縮短居家檢疫作業規範」之各項申請條件[24]。 考量台灣疫情穩定，且醫療量能尚有餘裕，自3月1日起，除健康檢查、美容醫學等非急迫性醫療需求外，國際醫療病患可透過醫療機構檢具相關資料、文件向衛生福利部提出申請，該部將依其醫療必要性、療程延續性及風險性等原則進行審查許可，協助海外人士來臺接受必要的醫療服務[27]。 4月1日新增境外移入COVID-19確診個案表 超連結 指揮中心統計，截至目前國內累計23,629例確診，分別為7,602例境外移入，15,973例本土病例，36例敦睦艦隊、3例航空器感染、1例不明及14例調查中；無新增空號病例，累計136例移除為空號。 2020年起累計853例COVID-19死亡病例，其中839例本土，個案居住縣市分布為新北市413例、臺北市322例、基隆市29例、桃園市28例、彰化縣15例、新竹縣13例、臺中市5例、苗栗縣3例、宜蘭縣及花蓮縣各2例，新竹市、南投縣、雲林縣、臺南市、高雄市、屏東縣及臺東縣各1例；另14例為境外移入。
確診數台灣: 醫療檢驗
指揮中心統計，自2020年起國內COVID-19累計10,069,539例確診、18,010例死亡。 香港政府周日（16日）宣佈，由周一凌晨起進一步收緊從台灣抵港人士的檢疫和檢測要求，未完成接種疫苗的人士須於指定檢疫酒店強制檢疫21天，已完成接種疫苗者則須於指定檢疫酒店強制檢疫14天。 5月12日，台灣新增16例本土個案以及1例調查中COVID-19確定個案，本土確診個案創單日新高[37]。
同日，桃園市[44]、基隆市[45]、新竹市[46]、新竹縣[47]、臺南市[48]、高雄市[49]、宜蘭縣[50]、臺東縣[51]、彰化縣[52]、雲林縣[53]、金門縣[54]、屏東縣[55][56][57]、南投縣[58]、苗栗縣[59]也都紛紛宣布進入「準三級」狀態[60][61][62]。 2月3日，中央流行疫情指揮中心宣布，考量國際疫情持續嚴峻，為確保開學前校園環境衛生安全、完備防疫作業與環境清潔消毒，高中職以下各級學校延後到2月22日開學，7月2日為最後上課日及休業式；大專校院、樂齡及社大等機構2月22日以後開學。 2月18日至21日延後開學期間，照顧12歲以下學童或國高中、五專前3年持有身心障礙證明的子女，家長1人可請防疫照顧假。
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5月28日，台灣本土確診病例單日新增297例（校正後為415例），確診病例新增19例死亡，並公布5月16日至27日經校正回歸新增本土確診258例[91]，新增死亡案例數創單日新高[92]，亦超過SARS時期73例死亡人數。 5月27日，台灣本土確診病例單日新增401例（校正後為529例），確診病例新增13例死亡，並公布5月17日至26日經校正回歸新增本土確診266例[89]，新增死亡案例數創單日新高[90]。 5月26日，台灣本土確診病例單日新增302例（校正後為532例），確診病例新增11例死亡，並公布5月17日至25日經校正回歸新增本土確診331例，新增死亡案例數創單日新高[88]。 5月23日，台灣本土確診病例單日新增287例（校正後為491例），確診病例新增6例死亡，並公布5月16日至22日經校正回歸新增本土確診170例，新增死亡案例數創單日新高[81][82][83]。 5月18日，台灣本土確診病例單日新增240例（校正後為456例）[68]，確診病例新增2例死亡（案1522、案2095），本土確診案例也首次突破1,000人[69]。
- 2020年3月，有些政治人物和學者開始擔憂部份防疫政策過度侵犯人權、且部份行政命令沒有法源依據；「防疫視同作戰」的口號造成各種嚴厲手段無限上綱[455][456]。
- 根據中央流行疫情指揮中心的數據模擬，戴上口罩或保持社交距離能避免醫療體系崩壞[315]。
- 國內COVID-19（2019冠狀病毒疾病）疫情穩定下降，中央流行疫情指揮中心公布，今天新增137例本土病例、0例境外移入；確診個案中新增14例死亡。
- 此時防疫策略集中在強制檢疫隔離、防堵病毒擴散、加強醫護專業治療，直到封鎖邊境及加強入境檢疫後，境外移入案例的壓力才減輕[66]。
在野黨一直質疑此政策，並認為政府是在隱匿疫情，不篩檢就不會有病例[470]。 後續2021年發生萬華疫情時，發現偽陽性的機率被高估，並且由於指揮中心反對演練、快篩試劑未列入物資整備，造成本土傳播發生時動員緩慢、檢驗結果積壓延遲通報[471]。 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為[5]。 1月1日起，限縮非中華民國籍人士入境及檢疫規定，並自1月15日零時起強化入境旅客檢疫措施。 2021年5月15日，台灣本土確診病例單日暴增180例（校正後為185例），其中有48例感染源待釐清[39][40][41]。 臺北市、新北市即日起至5月28日（共計2週）提升防疫警戒至第三級，其他縣市依舊維持二級，同時避免二、三級區域之間不必要的移動[42][43]。
確診數台灣: 疫情即時新聞
衛生福利部為了避免院內感染還管制陪病，一度全面實施除例外情況外不得探病，直到疫情趨緩才鬆綁[331]。 中華民國衛生福利部称，自发现疫情至今，國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心始终抱持著資訊公開透明的態度，為民眾提供即時的疫情消息及正確的防疫觀念[239]。 為了讓民眾信賴政府並願意配合防疫措施，中央流行疫情指揮中心的團隊成員連續每天下午2時直播舉行疫情記者會，早期階段還曾一天召開三次[240]。 其中疫情記者會由陳時中親自說明，時長大約一個小時，並有手語翻譯員即時提供手語服務[241][242]。
依鄉鎮市區統計截至2023年3月19日止，新北市汐止區確診率最高，達61.2%（相當2人至少有1人確診）。 其次為新北市深坑區59.41%（相當2人至少有1人確診），共有37個鄉鎮市區確診率達50%以上，149個鄉鎮市區確診率達40%以上，261個鄉鎮市區確診率達30%以上，344個鄉鎮市區確診率達20%以上，364個鄉鎮市區確診率達10%以上，368個鄉鎮市區確診率4.63%以上。 確診數台灣 確診率最低者為金門縣烏坵鄉，確診率4.63%（相當22人至少有1人確診）。 臺灣衛生福利部疾病管制署已於2023年3月20日起停止統計確診病例，實際病例將遠高於最後通報的1023.6萬例。
