隨著疫情爆發和減少主動預約病人回診，醫療院所及基層診所門診就醫人數大幅下降（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on other health issues），就醫人數減少最多的前三名為「小兒科」、「復健科」以及「耳鼻喉科」[542]。 由於人們對於呼吸系統疾病警覺性和關注度提高，並且配合戴口罩、勤洗手和保持社交距離等措施，感染方式、防治措施都與嚴重特殊傳染性肺炎類似的流行性感冒、腸道病毒等疾病在臨床檢體陽性率、類流感門診人數、併發重症病例數等都有顯著下降[542]。 因民眾洗手次數增加，經濟部水利署的統計指出平均日用水量比同期增加2.7%[543]。 而在6月，中央流行疫情指揮中心開放部分國家和地區的畢業生入境，不過許多大專院校仍因境外生無法入境而影響收入[380]。 但到了2021年5月，因應第三級防疫警戒，教育部宣布各級學校及公私立幼兒園停止前往機構上課，而兒童課後照顧服務中心、補習班等各類教育機構亦同步配合停課，所有學生均在家遠距教學[102]。
- 台灣人權促進會指出用手機位址追蹤居家隔離人員是否外出違反《通訊保障及監察法》[459]。
- 臺灣的醫療物資援助行動讓其國際形象（英語：Impact of the COVID-19 pandemic on international relations）大幅提升，並獲得多家外國媒體報導[514]。
- 5月16日，台灣本土確診病例單日新增206例（校正後為284例），為因應近期台灣本土疫情升溫，為利傳染病防治工作進行，指揮中心也授權各直轄市、縣（市）政府以「指揮中心記者會確診個案資料發布原則」，發布確診個案公共場所活動史[64]。
- 旅客資料並整合至14天居家關懷及追蹤告警的「防疫追蹤系統」，進行後續社區追蹤關懷[260]。
- 由於台南市、雲林縣、高雄市、屏東縣均爆發群聚疫情，臨床醫師表示近日降雨，病媒蚊指數上升，未來發展難以樂觀，疾管署提醒民眾務必落實「巡、倒、清、刷」，從事戶外活動時使用核可含DEET等成分的防蚊藥劑，避免蚊蟲叮咬。
下午，蔡英文於總統府發表敞廳談話，呼籲民眾團結冷靜、配合相關政策，政府會確保民生物資穩定供給[140][141]。 3月7日，中央流行疫情指揮中心將法國、德國及西班牙的旅遊疫情警示升為第二級（二級 加強防護），從這3國入境的民眾，應落實14天自主健康管理[120]。 另外，鑽石公主號返臺旅客自2月23日至3月7日（兩個星期）隔離結束，全數陰性，返家後需進行自主健康管理[121]。 2020年1月2日，疾管署召開「衛生福利部傳染病防治諮詢會-流感防治組農曆春節流感因應整備會議」，就武漢地區肺炎疫情進行討論。
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專家預估，大陸此波疫情會延續至明年3至4月，僅有1個月加嚴檢疫措施是否足夠？ 感染科權威、台大兒童醫院兒童感染科主治醫師黃立民說，邊境加嚴篩檢措施要維持多久「這是很難決定的問題」，但中國防疫愈來愈放鬆，兩岸頻繁往來，國內能否守住現在中國正在流行的BF.7變異株，將是更大的挑戰。 另外，也公布案33日本旅遊路徑[註 4]，同團有3人有症狀並隔離，其餘進行14天居家隔離[109]。 2月16日，中央流行疫情中心宣布首例死亡暨社區感染案例，為中部一位61歲從事白牌計程車司機的男性[80]，主要客戶是有陸港澳旅遊史的乘客，自身無出國旅遊史，也非已知確診病例密切接觸者，不過有B型肝炎及糖尿病病史。 該男性於1月27日出現咳嗽，2月3日因呼吸急促赴醫院就醫，診斷為肺炎，當日收治於負壓加護病房治療，2月15日晚間因肺炎合併敗血症死亡[81][82][83][84]。 2月12日下午，中央流行疫情指揮中心宣佈因疾管署反對陸委會的措施，撤銷陸委會昨天宣佈的措施[73]。
在疫情期間，許多在前線指揮的醫療公共衛生人員均曾經歷過嚴重急性呼吸道症候群疫情[237]。 2021年1月11日，指揮中心下午接獲衛生福利部桃園醫院通報疑似有醫護人員染疫[2]，隨即安排疾管署防疫醫師、同仁至該院進行調查，同時由專家諮詢小組張上淳召集人到場指導；另分別於11日晚間及12日召開會議，針對疫情及防治作為進行討論，採取多個措施[3]。 國內在元宵節新增2萬2594起本土個案，中重症161例，確診個案中新增73人死亡，雖然單日病例數較上週減少，不過回顧過去一整週，較前一週同期，病例數增加3成多，指揮中心將密切觀察疫情發展，來研議口罩進一步鬆綁措施。 針對檢驗出的33例Omicron BA.5變異株本土病例，中央流行疫情指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞說明，33例個案中有26例是成人、7例為兒童與青少年，皆為輕症或無症狀，尚無中重症個案檢出BA.5。 據統計，國內累計已檢出58例BA.5本土個案，與上周全國BA.5占比為5%、北部10%相比，呈穩定成長情形，預期BA.5占比仍會持續增加。 本土確診潮3月底爆發，5月下旬達高峰，單日確診病例數逼近10萬例，11月確診人數持續往下，台灣超過800萬人染疫。
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5月22日，台灣本土確診病例單日新增321例（校正後為473例），確診病例新增2例死亡，並公布5月16日至21日經校正回歸新增本土確診400例[79]，這是指揮中心首次以「校正回歸」新增之前數日的本土確診病例數[80]。 國內疫情新聞2023 5月18日，台灣本土確診病例單日新增240例（校正後為456例）[68]，確診病例新增2例死亡（案1522、案2095），本土確診案例也首次突破1,000人[69]。 在記者會中也宣布，全臺灣各級學校、幼兒園、安親班、補習班，全部停課[70]。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。 今天新增8例發病期間介於8月15日至8月21日，分別為左營區6例、鼓山區1例、小港區1例，其中左營區福山里3例為家庭群聚感染、新下里、新光里各1例，前述5例為當地社區感染；另新上里1例，8月13日曾有台南旅遊史。 鼓山區鼓岩里1例，8月10至18日間到台南老家短暫居住，此2例應為台南社區疫情衍伸。
疾管署提醒，嬰幼兒為腸病毒重症高危險群，如發現有嗜睡、意識不清、活力不佳、手腳無力或麻痺、肌抽躍（無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮）、持續嘔吐與呼吸急促或心跳加快等腸病毒重症前兆病徵，請儘速就醫。 李佳琳說，近四周監測總計，本土檢出病毒株XBB達94%，為目前的主流株，如果以變異株分類，重點變異株以XBB.1.16占23%最多，其次為XBB.1.5占18%、EG.5占16%。 研究中心因應調查結果，與深水埗地區康健中心合作，於本年7月至8月舉辦三場公開講座（網上及實體）─「精精神神 應對疫情」、「運動是良藥」和「疫境中如何保持心靈健康」，邀請多位專家擔任講者，與市民分享如何於疫情中保持身心健康，減低抗疫疲憊。 疾管署澄清有關郭台銘先生辦公室表示「政府與德國BNT公司的採購合約遭取消是因我政府堅持名稱所致」，並非事實。
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目前雖然已有企業快篩的計劃，但若企業規模不大，同時考量需要專業醫護人員協助的情況之下，建議政府應提出更充裕的資源配置，並協助業者取得相關防疫物資。 而某一冷凍食品業者亦表示，因應疫情期間需穩定民生必需品之供應，建議將食品業及物流業人員列為優先施打對象。 儘管「缺料」不是受訪業者最高的選項，但在各產業回復最為平均的題目，有半數的業者勾選。 國內疫情新聞 而各產業類別表示，疫情已延燒一年半，缺貨櫃與原物料短缺問題在本次調查中被許多廠商提及，原物料價格上漲讓許多廠商吃不消，包括鋼鐵、塑料、紙張都接連上漲，業者不堪負荷。
台灣人權促進會表示對於防疫制度的討論屬於公共議題，應受言論自由保障，反對政府恐嚇人民[463]。 2021年6月27日，國外入境者一律到集中檢疫所或是防疫旅館隔離，隔離期滿一律要做一次PCR篩檢，且從重點高風險7國的入境者進入隔離前要加做一次PCR篩檢[267]。 2021年5月19日，因應本土疫情升高，臺灣再度暫緩未持有中華民國居留證的外籍人士入境，並暫停旅客前來臺灣轉機[266]。 2019年12月31日，疾病管制署依標準作業程序啟動邊境應變措施，對武漢市直航入境的班機登機檢疫[245]。 12月2日，開放已完成接種「莫德納」或「輝瑞-BNT」（基礎劑）之「滿6歲至11歲」（兒童）接種「Moderna雙價疫苗」（原型株+ BA.4/BA.5）作為追加劑接種；並開放「滿5歲至未滿6歲」（兒童）接種「輝瑞-BNT單價疫苗」（兒童劑型）作為追加劑接[225][226]。 9月24日，正式開放「65歲以上」（長者）、長照機構住民、「18歲以上」（免疫不全及免疫力低下者）接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1變異株）。
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其中在疫情升高後，醫療院所會實行分艙分流、輕重分級制度[102]，將醫療資源留給重症患者（英语：Impact of 國內疫情新聞2023 the COVID-19 pandemic on ICU capacity）[320]。 其中負壓隔離病房便用於收治疑似病例[321]，不過當前部分病房需用於收治肺結核等隔離病患[322]。 衛生福利部並利用在各地區171家急救責任醫院設置獨立專責隔離病房，將具有風險的病患就地收治於同一區[323]。 衛生福利部還在臺灣各縣市共設置22個專責醫院，必要時可以清空醫院收治患者[324]。
臺灣亦在這次防疫工作中首創全球第一個智慧防疫系統，而包括烏拉圭、美國、澳洲、印度尼西亞、瑞士、義大利、卡達、沙烏地阿拉伯等超過10個國家都透過管道洽詢[529]。 疫情期間，中國人民解放軍軍機繞臺灣島巡航持續[518]、透過「疫苗外交」拉攏中華民國邦交國[519]，並懷疑有網軍發出疫情假訊息（英语：COVID-19 misinformation by China）[520][521][522]。 蘇院長指出，全國疫情持續下降，國內最近一週的新增病例數較前一週再下降超過21%，且從北到南各區皆持續下降，其中北北基宜地區下降15%、中彰投下降26%、雲嘉南下降22%，高屏地區甚至下降達27%，顯示國內疫情正穩定脫離疫情高原區，輕症及無症狀者也持續維持近99.6%。 放眼未來，前方的路或許仍滿不確定性，但也期勉業者能將這次的危機視為體質調整的契機，修正既有商務模式、檢視服務缺口。 據了解，因應疫情發展，觀光發展策略布局在2021至2022年，將持續提振國旅，將整備分區旅遊特色及提升景區品質、引導產業配合政策轉型開發主題旅遊產品、優化產業經營能力及培養專業職能、加強數位科技應用。
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同日，全國醫院與長照機構，自即日起至6月8日止（共計4週），除例外情形，停止開放探病及探視，住院病人之陪病者及長照機構住民陪伴者仍為1人[36]。 提醒民眾出入醫療照護、公共運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀及洽公機關（構）等八大類高感染傳播風險場域，因不易與他人保持社交距離，且會近距離接觸不特定對象，請務必佩戴口罩，並應落實勤洗手、咳嗽禮節等個人衛生習慣，以降低感染風險。 民眾自國外入境時，如有發燒、咳嗽等不適症狀，應主動通報檢疫人員，並配合防疫措施；入境後應落實居家檢疫，期間如出現疑似症狀，請主動聯繫衛生局或各縣市關懷中心，並依指示就醫，勿搭乘大眾運輸工具。 就醫時請告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚(TOCC)，以供及時診斷通報[29]。 中國大陸新冠疫情爆發，又值農曆新年即將到來，指揮中心今宣布明年1月1日至31日，針對中國入境者於機場、港埠進行唾液PCR檢驗。
疾管署表示，我國公費流感抗病毒藥劑配置於各縣市約4千家合約醫療機構，配置藥劑包括克流感、易剋冒及瑞樂沙。 因目前流感與新冠肺炎疫情在社區共同流行，若民眾有類流感症狀，除可先用新冠病毒家用快篩檢測外，如出現呼吸急促、呼吸困難、發紺、血痰、胸痛、意識改變、低血壓等危險徵兆，應盡速就醫，並由醫師依主訴與臨床判斷，評估是否符合公費藥劑用藥條件。 疾病管制署公布今（9）日新增96例登革熱本土病例，其中台北市、新竹市是首見個案，疫情嚴峻的台南市累積病例也破千！ 國內疫情新聞2023 若要避免BF.7變異株在國內爆發，黃立民說，指揮中心應針對自中國返台確診民眾所引起的感染事件，進行詳細疫調，及早阻斷傳播鏈，避免防疫上出現大問題。 新冠肺炎（COVID-19）肆虐全球，近來新變異病毒株Omicron入侵多國，許多國家確診及死亡人數不斷攀升，各國致力實施疫苗施打，希望能盡早結束這場「全球浩劫」。 截至今（10）日，台灣確診人數1萬6721人、848人病歿，全球確診人數為2億6875萬4998人，死亡人數為530萬3083人。
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指揮官陳時中也直言，如果有需要出國且打疫苗不方便，可以彈性在滿「5個月」就施打。 並表示，建議已完成「2劑COVID-19疫苗」接種「65歲以上長者、長照機構住民與工作者、醫護人員、防疫工作人員、第一線高感染風險工作人員及容易感染與疾病嚴重風險者（即COVID-19疫苗公費接種對象第九類）」等應於第二劑6個月後，接種第三劑[130][131][132]。 5月17日，台灣本土確診病例單日新增333例（校正後為535例）[65]，總確診數也在當日突破2,000例。 指揮中心解說「健保醫療資訊雲端查詢系統增列自主健康管理提示」運作方式，並再度提醒勿製造、轉傳虛假訊息，違者依《傳染病防治法》第63條[66]，最高可開罰新臺幣三百萬元以下罰金，或求處三年以下有期徒刑、拘役等刑罰。 在同日稍早，新北市和臺北市政府達成共識，宣布雙北高中職以下，全部停課[67]。
依鄉鎮市區統計截至2023年3月19日止，新北市汐止區確診率最高，達61.2%（相當2人至少有1人確診）。 其次為新北市深坑區59.41%（相當2人至少有1人確診），共有37個鄉鎮市區確診率達50%以上，149個鄉鎮市區確診率達40%以上，261個鄉鎮市區確診率達30%以上，344個鄉鎮市區確診率達20%以上，364個鄉鎮市區確診率達10%以上，368個鄉鎮市區確診率4.63%以上。 臺灣衛生福利部疾病管制署已於2023年3月20日起停止統計確診病例，實際病例將遠高於最後通報的1023.6萬例。 根據疾管署2023年2月初推估的實際感染人口已達臺灣5至7成的人口總數，約1161萬至1626萬左右。 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為[5]。 國內新冠肺炎疫情未歇，中央流行疫情指揮中心15日公布，國內新增首例Omicron BA.4變異株本土個案，並公布上周對本土個案進行基因定序，共驗出33例Omicron BA.5變異株本土病例。
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指揮中心統計，自2020年起國內COVID-19累計10,069,539例確診、18,010例死亡。 國內疫情新聞 疾病署指出，一旦經判斷符合用藥條件者，不需流感快篩，即可開立公費藥劑，以把握用藥時機。 提醒民眾勿輕忽流感嚴重性，應落實勤洗手及注意咳嗽禮節等個人衛生防護措施，有呼吸道症狀時應佩戴口罩。 疾病管制署今（22）日公布上周腸病毒門急診就診達到1萬1331人次，再次超過流行警戒值；監測近四周主要流行病毒仍以克沙奇為主，占比超過8成；疾管署提醒，腸病毒疫情在開學前後都會有上升趨勢，下周即將開學，要特別注意學童間傳播風險。
沈榮津表示，廠商、通路商考慮到實名制5元，定價時每片一定會低於5元，由民眾自己選擇[201]。 但口罩業者表示：「口罩成本原料漲價已較疫情前高，若再加上運輸、包裝成本，售價恐怕會高於5元」、「希望如實反映價格，回歸市場機制後，口罩需要包裝、物流成本，且通路商也要賺錢，成本結構與往日大不相同，若政府訂定1片不得超過5元是不合理的」[202]。 針對業者回饋反彈，經濟部官員解釋，實名制每片5元是作為業者自由販售定價的參考原則，並非強制定價，後續價格仍是回歸市場機制[203]。 3月1日，中央流行疫情指揮中心將伊朗的旅遊疫情警示升為第三級（三級 不宜前往），提醒民眾非必要勿前往，自3月2日零時起，14天內有伊朗旅遊史者，入境後需進行14天的居家檢疫[110]。 2月5日，陳時中部長兼指揮官宣布，因中國大陸疫情持續上升，中國大陸全境皆被列入二級以上流行區，居住中國各省市的中國大陸籍人士均全面暫緩入境，返臺居民如有中國大陸居留、停留與旅遊的紀錄，亦列入居家檢疫對象[57]。 指揮中心今公布國內新增3,058例COVID-19確定病例，分別為2,969例本土個案及89例境外移入(78例為航班落地採檢陽性)；另確診個案無新增死亡。
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奇美醫院感染科主治醫師陳宏睿指出，登革熱初期症狀為發燒、骨頭痠痛，跟流感、新冠類似，就醫時可透過快篩區分，約一小時就可得到結果。 台南罹病者最多，如果持續降雨、積水容器未清，病媒蚊指數降不下來，難以樂觀看到疫情發展。 12月16日，鑒於印尼疫情持續升溫，自12月18日起，持續暫停引進印尼籍移工來臺工作，並視當地疫情狀況，再決定重新開放之時間[241]。
- 下午，蔡英文於總統府發表敞廳談話，呼籲民眾團結冷靜、配合相關政策，政府會確保民生物資穩定供給[140][141]。
- 2020年起累計773例COVID-19死亡病例，其中765例本土，個案居住縣市分布為新北市384例、台北市292例、基隆市27例、桃園市23例、彰化縣14例、新竹縣10例、台中市4例、苗栗縣3例、宜蘭縣及花蓮縣各2例，台東縣、雲林縣、南投縣及高雄市各1例；另8例為境外移入。
- 自2022年1月1日起，至2023年2月22日止，本土病例共9,902,106例，含中重度以上病例47,459人，其中16,848人死亡[553]。
- 因為疫情衝擊，使得人們面對面交易與溝通的機會驟減，消費者對於溝通的清晰度與體驗／價格的透明度越來越重視。
中華職棒例行賽每場開放進場觀眾增加至2千名，也能於場內食用官方準備之餐盒[193]。 4月6日，因應清明連假各地湧現觀光人潮，未能保持社交距離，指揮中心呼籲民眾若在連假期間曾至人潮擁擠的地方活動，請自主健康管理14天，避免出入公共場所，外出時務必配戴口罩，儘可能在家上班，如有身體不適就醫時務必告知旅遊史[165]。 4月3日，有疑似症狀之入境乘客，應依照指示搭乘防疫車輛前往檢疫所，靜待檢體檢驗結果，再做進一步的隔離或檢疫[162]。 搭乘大眾交通必須戴口罩，屢勸不聽者，可處新臺幣3000元以上、1萬5000元以下罰鍰[163]。 3月12日，中央流行疫情指揮中心宣布「口罩實名制2.0」上路，採用網路線上預約、實體商店取貨的模式[128]。
國內疫情新聞: 疫情指揮中心一級開設
在民間消費負成長下，臺灣在2020年全年經濟成長率仍有3.11%[403]，股票、房市與車市也交易熱絡[404]。 隨著車用晶片等因疫情出現缺貨潮後[405]，台灣積體電路製造等晶圓代工業者受到關注[406][407][408][409][410]。 在疫苗準備及接種方面，蘇院長表示，今早已有50多萬劑Novavax疫苗運抵桃園機場，請衛福部儘速完成檢驗封緘，讓國人接種疫苗有多一種選擇。 院長指出，目前我國三劑疫苗覆蓋率已有相當水準，其中第1劑91.2%、第2劑83.3%、第3劑70%，5至11歲兒童疫苗第1劑也已超過75%。 而為再提升相關工作人員保護力，自明日起，機場港埠、居家檢疫、機構與社福照護系統等工作人員及航空機組員，也可開始接種第4劑疫苗。 自2020年1月起，至2023年3月20日止，臺灣在嚴重特殊傳染性肺炎疫情中的累計確診個案有10,236,886人，累計死亡個案則有18,803人（病死率0.18%）。
指揮中心表示，今日新增6例境外移入個案，為4男 2女，年齡介於未滿10歲至40多歲，分別自美國（3例）、印尼（2例）、緬甸入境，入境日介於7月5日至7月19日；詳如新聞稿附件2。 此後臺灣仍與嚴重特殊傳染性肺炎疫苗全球取得共享機制COVAX簽約，確保臺灣能分配到476萬劑疫苗[490][491]。 除了加入COVAX計劃外，臺灣還另外分別購買1,000萬劑牛津－阿斯特捷利康嚴重特殊傳染性肺炎疫苗、以及505萬劑莫德納嚴重特殊傳染性肺炎疫苗[490]。 海峽兩岸關係也影響臺灣疫苗的採購進度[492]，其中輝瑞－BioNTech 嚴重特殊傳染性肺炎疫苗便被指遭受中國阻饒[493][494][495]。 到了2021年，儘管七大工業國組織外長會議支持臺灣參與世界衛生大會[496]，臺灣仍未參與獲邀參加該年度世界衛生大會[497]。
國內疫情新聞: 防疫新生活運動
2019年底至2020年初，傳出疫情之初，有人大量購買口罩希望捐給武漢，然而敵視中国大陆者否定此行為、認為口罩應留在台灣使用[449]。 中華民國政府在2020年1月禁止口罩出口[450]，引起網民、政治人物和演藝明星多方爭論[451][452][453][454]。 每年農曆3月期間，臺灣會舉辦大甲媽祖遶境進香、白沙屯媽祖進香等宗教儀式[438][439][440]。 內政部對此與各地宗教團體溝通，多數宗教團體都願意因應疫情停辦或暫緩活動[439][441][442]。
