之所以要有那麼多與準確率相關的指標，是因為不同疾病對於檢測結果所在意的重點不同。 有些疾病檢測會希望儘量避免將沒病誤判成有病(也就是要降低偽陽性FP)，有些疾病檢測則可能希望盡量避免將有病誤判為沒病(也就是要降低偽陰性FN)。 有勁基因2023 一個檢測想要同時降低偽陽性和偽陰性兩者很困難，這時通常會藉由調整閥值(threshold)，以便讓兩者都降低到可接受的範圍之內；這部分本文就不詳述。 單細胞RNA定序(Single cell RNA Sequencing; scRNA-seq)是一種利用高通量定序方法對單一細胞RNA進行擴增與定序的技術，可以幫助微觀、了解和鑑別不同類型的細胞及其基因的表現。
目前關於檢測準確率(或出錯率)常見的指標有準確度、靈敏度、特異度…等等，多到令人昏頭轉向。 想要弄清楚這些指標，就必須先從這些指標是「如何由實際數據轉換而來的」開始瞭解。 本文將一步步示範如何從數據得出各種檢測指標，並會解釋各種指標的詳細意義。
有勁基因: 有勁基因進駐汐止遠雄U-Town 基因檢測技術備受肯定
有勁基因進駐汐止科學園區遠雄U-Town商業科技大樓，21日舉辦開幕儀式，英國在台辦事處代表鄧元翰(John Dennis)亦蒞臨揭幕剪綵，會後該公司並為參與的來賓們進行實驗室導覽。 （生活中心／綜合報導）有勁基因進駐汐止科學園區遠雄 U-Town 商業科技大樓，開幕茶會將於本月21日舉辦，英國在台辦事處代表鄧元翰先生(John Dennis)將蒞臨揭幕剪綵。 圖/有勁基因開幕剪綵；有勁基因創業長 詹佳翰 博士（左起）、英國在台辦事處代表 John Dennis、台灣精準醫療產業協會理事長 李鍾熙。 圖/有勁基因開幕茶會長官與貴賓大合照；有勁基因創業長 詹佳翰 博士（中）、英國在台辦事處代表 John Dennis（左）、台灣精準醫療產業協會理事長 李鍾熙（右）。 然後我們做了3次的RNA-Seq實驗，將獲得的reads與每個基因進行比對，其比對的數目如下表所示。
一般來說，若試劑選擇正確且確實按指示操作，99%以上的rRNA都可被去除掉2。 阿拉伯芥葉片這個案例，圖二異常訊號的所在位置，經比對發現相當接近圖一23S rRNA的位置，因此難以確定rRNA是否真的有被完全去除。 這個問題很令人頭痛，畢竟製備文庫跟定序的開銷都為數不小，如果無視異常訊號繼續下去，出了問題，損失很大。
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有勁基因表示，積極與實驗室及臨床醫生合作，並採用最先進的檢測儀器去協助且提升病患的診斷、治療及預防成效。 如與孕婦及婦產科醫師一起透過產前篩檢瞭解新生兒的基因健康情況，或與癌症研究人員合作檢測腫瘤突變，探討如何從病人血液或檢體樣本中取得最純化的DNA。 有勁基因實驗室獲TAF的認證，實驗操作有一定的品質保證；但客戶的樣品五花八門，實驗過程中難保不會出現異常的狀況。 筆者在這裡透過前陣子收到的一個阿拉伯芥RNA定序案件，想和大家分享該案件從樣品最初的品質檢測到後續文庫製備的過程中一些相當值得討論的資訊。
各種嘗試中，有一項被認為甚具潛力的方法，就是以腦脊髓液(Cerebrospinal Fluid; CSF)中的循環腫瘤DNA(Circulating Tumor DNA; ctDNA)當作生物標記去評估中樞神經系統的腫瘤，這個方法簡稱為CSF-ctDNA分析法。 不過，這方面的研究目前仍不多，美國德州Shah研究團隊今年發表的期刊論文1是其中之一；該研究嘗試為中樞神經系統腫瘤的評估尋找更適切的辦法，包括：(1)萃取CSF-ctDNA的最適方法，以及(2)對「CSF-ctDNA內的變異與中樞神經系統腫瘤之間關聯性」進行分析的最佳方法。 有勁基因臺灣分公司的實驗室已取得 有勁基因 ISO 及實驗室生物安全第二等級等認證。 遷址後，有勁基因更在U-Town新址成立分子生物卓越中心，配置最先進的儀器設備與技術，藉此除了提升企業營運效能、提供客戶更優質的教育訓練環境外，也希望加強拓展有勁基因與當地產業界、學術研究機構及醫療院所的合作。 也就是說，每個人在做了特定疾病的檢驗後，其檢測結果會被分類到下列四種狀態的其中一種(括號內為代表符號)。 這些敘述看起來很雷同，深究其內容意義卻很不同，主要是因為各自對「準確度」的定義並不相同。
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檢出率：從上述表格中右上角的數據格子可以知道，此檢驗檢出陽性結果(包括真陽性和偽陽性)的陽性檢出率剛好為1%。 我們在做微生物菌相分析時，經常接觸到兩個名詞⼀微生物相(microbiota)和總體基因體(metagenome)，這兩個詞彙時常被大家搞混導致誤用，所以作者很貼心的用以下圖文來解說給大家，如圖一。 有勁部落格文章《Patterned Flowcell平台的重複讀取問題》中曾提到：HiSeq 4000平台需要尋找文庫(library)的最佳上機濃度進行定序，不然會容易出現資料「重複讀取(duplicate reads)」的情況。 那麼有沒有工具可以計算出定序資料中duplicate reads的實際比例並且將之移除呢？ 本文會使用表一中的定序資料來為大家介紹兩種可供利用的軟體工具⼀FastQC以及fastp。
由於葉綠體內帶有類似原核生物的RNA，因此若RNA的來源樣品含有葉綠體，其圖譜就有可能出現許多額外的條帶，大家可千萬不要誤以為是RNA降解就隨便丟掉。 我們比較RPKM以及TPM的表格之後，我們可以發現RPKM在「Sum」這個欄位，三個實驗中的數值均不同，因此我們很難直接利用RPKM數值去比較每個基因「相較於整體」的表現量多寡。 然而TPM則一律為1,000,000，也就是1 million，意即TPM的定義(Transcript Per Million)。
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好景不常的台股在外圍因素干擾下，今日持續測試半年線支撐，所幸AI概念股回神收斂跌幅，重返16400點。 家裡有毛小孩的爸媽們，你們是否曾為了選擇飼料，看著架上琳瑯滿目的商品傷透腦筋呢？ 有勁基因2023 生怕買到製程或衛生有問題的飼料，搞得毛孩們上吐下瀉；尤其毛孩若是天生體質過敏，毛爸毛媽們一定會更仔細審視飼料的成分來源，以免寶貝們吃了發癢東抓西撓，甚至嚴重過敏，弄到得去獸醫院報到。
根據TAF標準作業流程的規範，實驗室收到客戶樣品後都必須先確認RNA樣品的品質，符合標準的樣品才能進入文庫製備的流程。 而RNA樣品品質有沒有達標，最重要的判斷依據就是確定樣品是否有發生降解的現象；因此所有樣品都會進行微流體晶片檢測，以確認降解的狀況。 前面有提到rRNA佔了整體RNA的近8成，也就是說，製備文庫之前，在跑電泳或微流體晶片檢測RNA品質時所觀察到的訊號通常都是來自rRNA，因此一般來說，從rRNA的圖譜便可大致判斷出樣品的降解程度。 從下圖一的圖譜比較，可以看到阿拉伯芥葉片相較於人類多出許多條訊號，這些訊號其實是來自葉綠體，既不是雜訊也不是RNA降解或汙染所造成。
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最後我們決定先取其中兩個樣品去製備文庫跟定序，分析資料中是否仍殘留著rRNA，再來決定後續策略。 定序完成後客戶根據數據進行分析，從表二的分析結果來看，rRNA幾乎已完全被去除，而這個不明訊號的真實身分，看起來很可能來自和光合作用有關的光反應中心或酵素基因。 這些大量表現的基因相較於rRNA，訊號並不強；但在rRNA被去除後，這些基因的訊號反而變成最顯眼，因此才被觀察到。 遇到像這類RNA樣品在去除rRNA後仍觀察到異常訊號的情況，建議大家可先評估抽取RNA的那個時間點是否剛好有某基因的大量表現、並先確認該表現基因的長度，然後再比對電泳膠圖，判斷異常訊號究竟是來自未完全去除的rRNA，還是來自某時間點大量表現的mRNA。 這個案例是這樣的：客戶在確認實驗項目與細節後，將阿拉伯芥葉片的RNA樣品送給我們的基因實驗室進行分析。
這個可用來進行核酸片段篩選的自動化高通量凝膠電泳平台，搭配了具定量和富集胎兒游離DNA含量比例功能的Yourgene® QS250儀器，英臺合力研發 SageTM QS 32plex，一舉將 NIPT的解決方案優化升級。 台灣疫情在大家努力下雖然逐漸降溫，但秋冬流感好發季節將至，加上新冠病毒突變率高且有無症狀感染者存在，在疫苗覆蓋率仍未達預期的現在，如何提高檢測效率並降低醫療量能損耗，仍是一大考驗。 大改款 Corolla Altis 預計採用升級後的 TNGA-C 平台打造，整體車格有所放大，強化車室空間機能，內裝也將導入數位化鋪陳，進一步提升科技便利性，而動力則預期全面採用 Hybrid 油電與 PHEV 插電式油電動力，爭取更出色的油耗節能表現。
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包括內視鏡、超音波、核磁共振、電腦斷層或正子掃瞄等；腫瘤標記數值也可能在非腫瘤疾病有升高現象。 【基因檢測】：精選20項常見疾病基因，包含七大癌症：大腸癌、胃癌、肝癌、男性攝護腺癌、女性乳癌等；心腦血管疾病：高血壓、心肌梗塞、中風等；及慢性腎臟病、酒精依賴、雄性禿、肥胖等疾病在個體上的疾病風險，提早在生活中做出相對應的健康照顧，以達趨吉避凶的結果。 古早傳統忽略了求子其實不該只是女方的責任，而是夫妻雙方的責任，因此女性總是背負著傳宗接代的壓力。 隨著時代變遷及科技的發達，慢慢地大家的觀念也已經改變，並瞭解到不孕症也有可能會發生在男性身上。 男性不孕症的起因可歸類為先天和後天兩大類，本文要介紹大家認識的是屬於先天性不孕症的「克林菲特氏症(Klinefelter′s syndrome; 47XXY)」。
過往我們進行RNA-Seq時，會使用RPKM或是FPKM來代表某個gene或是isoform的表現量多寡。 可是當我們想要比較不同次實驗內的某個基因，其表現量相較於「整體基因表現」而言，是否維持在「固定比例」時，便無法使用這樣的計算方式。 Al. 有勁基因 在2012年的時候提出TPM (Transcript Per Million) 的概念來補足這個缺點。
有勁基因: 代表負責人
分子生物學所說的「遺傳訊息傳遞/基因表現的中心法則」是指DNA經過轉錄得到RNA，RNA再經轉譯合成蛋白質，蛋白質則在轉錄、轉譯以及DNA自我複製的流程中扮演協助的角色。 RNA依其功能不同，種類也有所不同，比如大家熟知的mRNA、tRNA和rRNA，其中rRNA占比最高，占了近8成。 除此之外，有一些RNA還能調控基因表現，例如短片段的small RNA、micro RNA，或長片段但不會轉譯成蛋白質的non-coding RNA。 一般來說，想觀察一個生理反應中不同基因有哪些表現，其表現程度與相互控制的關係如何時，都會針對RNA去進行定序。 有了上面這個表，我們就可以藉由「數人頭」的方式計算出這個疾病罹患檢測的統計結果；如下。
- 阿拉伯芥葉片這個案例，圖二異常訊號的所在位置，經比對發現相當接近圖一23S rRNA的位置，因此難以確定rRNA是否真的有被完全去除。
- 一般來說，若試劑選擇正確且確實按指示操作，99%以上的rRNA都可被去除掉2。
- 前面有提到rRNA佔了整體RNA的近8成，也就是說，製備文庫之前，在跑電泳或微流體晶片檢測RNA品質時所觀察到的訊號通常都是來自rRNA，因此一般來說，從rRNA的圖譜便可大致判斷出樣品的降解程度。
- 筆者在這裡透過前陣子收到的一個阿拉伯芥RNA定序案件，想和大家分享該案件從樣品最初的品質檢測到後續文庫製備的過程中一些相當值得討論的資訊。
- 一般來說，想觀察一個生理反應中不同基因有哪些表現，其表現程度與相互控制的關係如何時，都會針對RNA去進行定序。
- 有勁基因表示，積極與實驗室及臨床醫生合作，並採用最先進的檢測儀器去協助且提升病患的診斷、治療及預防成效。
微粒上所鑲嵌的DNA primer各自標誌了不同的標籤序列(barcode)以及可用來抓取mRNA的Oligo(dT)序列；當微粒抓取完mRNA後就會打破微滴，進行反轉錄與模版交換，然後進入PCR程序。 RNA擴增完成之後，每個細胞的RNA library都會包含不同的標籤序列，定序分析時便可透過這些標籤序列去區分每個細胞的RNA表現狀況。 有勁基因台灣分公司的實驗室已成助取得 ISO 及實驗室生物安全第二等級等認證，並於U-Town成立分子生物卓越中心，配備最先進的儀器設備與技術，除了提升企業營運動能外，還可提供客戶更優質教育訓練環境，期望加強拓展有勁基因與國內產業界、學術研究機構及醫療院所的合作關係。 本文所分享的這個案件，透過實驗室和客戶之間多次的討論與實驗分析，最後順利解決，皆大歡喜，在此提供作為參考。 這裡建議，實驗過程中若在任何地方遇到異常狀況，不妨回頭小心觀察，分析異常狀況如何而來，如此便可解決許多問題；而且這些經驗還能化為知識，未來可以幫助我們在實驗中更快速地做出正確的判斷。 目前用來評估中樞神經系統腫瘤的工具有腦脊髓液細胞學、核磁共振以及腦部活檢；但這些工具都各有其限制性，例如：腦脊髓液細胞學敏感性不足、核磁共振特異性不佳、以及腦部活檢具侵入性等等，因此需要發展出更好的方法去診斷評估患者中樞神經系統的腫瘤。
