3月24日，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）召開專家會議，決議「12至17歲」（青少年）的「基礎劑」可打「莫德納疫苗」，也可混打「BNT疫苗」，但1、2劑「間隔12週」，醫療院所應充分告知接種「莫德納」保護力，及心肌炎、心包膜炎風險，並經家長同意、醫師評估後才可接種[168]。 3月8日，為方便民眾依個人接種需求查詢，「COVID-19防治一網通」已將「查詢追加劑」[159]及「查詢第1、2劑」[160]的疫苗地圖分開呈現，民眾進入地圖頁面後，可依個人喜好的廠牌及接種地點，查詢「當日」接種院所的開診情形及諮詢電話，該院所如有預約網站亦可直接連結預約[161][162]。 這個時期，總共爆發三波大規模Omicron感染事件，本土病例主要病毒株為「Omicron」亞型變異株。 12月2日，指揮中心宣布，即日起開放「第一至第三類人員」，以及「因公務需出國者」，於接種「第二劑疫苗」滿5個月後，接種「第三劑」疫苗[133][134][135]。
- COVID-19歷時3年，也應該要有一個總檢討，哪些地方做得好、做得不好，我們學到什麼、未來如何因應，才能讓這1萬5,000多條生命與各種努力有代價。
- 衛生局表示，經對大寮區群聚社區進行環境巡檢，查獲多達67個積水容器，其中26個已孳生病媒蚊，陽性率高達38.81%，其中在1處工廠發現5個積水容器，已孳生孑孓，防疫人員立即開單告發，今上午開出舉發通知書即有12件，查獲的孳生源主要為盆栽、水生植物、水桶、塑膠袋積水、輪胎、畚箕、臉盆、整理箱、鐵鍋、甕、鐵管等。
- 不過，該藥目前並未在大型醫學期刊提出預防重症數據，也還未提出價格，謝興邦說，對台灣與其他國家而言，就難以判斷是否需要採購。
- 5月24日，台灣本土確診病例單日新增334例（校正後為502例），確診病例新增6例死亡，並公布5月14日至23日經校正回歸新增本土確診256例[84]，累計826例校正回歸本土確診個案，10天內暴增3,500餘例本土確診[85]。
- 確診率最低者為金門縣烏坵鄉，確診率4.63%（相當22人至少有1人確診）。
3月12日，「口罩實名制2.0」正式上路，除既有健保特約藥局及衛生所等實體通路外，增加網路預購通路，民眾可透過健保卡、自然人憑證登入平台，或可藉由健保快易通行動APP進行認證預購。 行政院整合各部會資料建立「智慧防疫系統」，建立居家隔離、居家檢疫和自主健康管理機制。 12月31日，疾管署得知網路正在討論武漢疫情的貼文後，基於先前防疫經驗並高度重視，且向中國疾病預防控制中心及世衛確認訊息[18][19]。 4月30日，因應機場防疫旅宿員工確診事件，考量其潛在傳播風險，針對4月15日至28日間自飯店之退房機組人員數調查，並擴大居家隔離。 3月22日，牛津-阿斯利康疫苗（AZ疫苗）開打，首波提供專責病房、負壓隔離病房或負責採檢之醫事人員接種[30]。
台灣染疫人數: 防疫措施
提醒民眾出入醫療照護、公共運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀及洽公機關（構）等八大類高感染傳播風險場域，因不易與他人保持社交距離，且會近距離接觸不特定對象，請務必佩戴口罩，並應落實勤洗手、咳嗽禮節等個人衛生習慣，以降低感染風險。 民眾自國外入境時，如有發燒、咳嗽等不適症狀，應主動通報檢疫人員，並配合防疫措施；入境後應落實居家檢疫，期間如出現疑似症狀，請主動聯繫衛生局或各縣市關懷中心，並依指示就醫，勿搭乘大眾運輸工具。 就醫時請告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚(TOCC)，以供及時診斷通報[29]。 中華民國衛生福利部称，自发现疫情至今，國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心始终抱持著資訊公開透明的態度，為民眾提供即時的疫情消息及正確的防疫觀念[239]。 為了讓民眾信賴政府並願意配合防疫措施，中央流行疫情指揮中心的團隊成員連續每天下午2時直播舉行疫情記者會，早期階段還曾一天召開三次[240]。 其中疫情記者會由陳時中親自說明，時長大約一個小時，並有手語翻譯員即時提供手語服務[241][242]。
2月6日，指揮中心表示，「COVID-19疫情」持續，近期重症對象「多未曾接種疫苗」或「未完成基礎劑接種」，尤其「65歲以上」（長者），應儘速完成「基礎劑」接種，以獲得保護力。 自即日起未曾接種基礎劑第1劑者，請接種「Moderna」（單價疫苗），接種單位將不再提供(含預約作業)第1劑接種「Pfizer-BioNTech疫苗」；二、「滿5歲至未滿12歲」（兒童）基礎劑需以同廠牌疫苗接種，兩劑接種間隔4週以上。 尚未接種基礎劑第1劑者，自4月2日以後，請接種「Moderna」（單價疫苗），接種單位於4月2日以後將不再提供(含預約作業)第1劑接種「Pfizer/BioNTech疫苗」；三、滿「12歲至未滿18歲」（青少年）兩劑基礎劑需間隔12週以上以同製程疫苗接種。 自即日起未曾接種基礎劑第1劑者，請接種「Novavax疫苗」，接種單位將不再提供(含預約作業)青少年第1劑接種「BioNTech疫苗」；四、「18歲以上」（成人）如預定以同廠牌完成接種，第1劑「BioNTech疫苗」必須於2月21日以前接種。 如於2月22日以後接種第1劑(可擇定「BioNTech」或「Novavax」COVID-19疫苗)，但後續第2劑請以「Novavax疫苗」銜接接種[227]。
台灣染疫人數: 累計確診數及死亡數
4月17日，衛福部食藥署召開專家會議，核准莫德納疫苗用於6至11歲兒童的基礎接種[169]，施打兩劑，每劑0.25毫升（50微克，為成人一半），兩劑間隔28天[170]。 1月11日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」將在15至16日重新上線，並於17日起開始施打[152][153]。 12月23日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」暫時退場，並視第3劑施打潮再重啟[138][139][140]。 7月6日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」正式上線，並將在澎湖縣、金門縣、連江縣試辦「意願登記」[113]。 2019年12月，中國武漢華南海鮮市場陸續出現不明肺炎病例[15][16]。
進入第三級疫情警戒後，新增防疫指引包括關閉各式公共場所、外出全程配戴口罩、停止部分家庭和社交聚會、啟動企業持續營運的因應措施、餐飲場所應落實規定或外帶等[95]。 若到了第四級疫情警戒，則進入非必要不得外出（英语：Cocooning (behaviour)）、全面停班停課、指定區域封鎖（英语：COVID-19 lockdowns）的階段[95]。 此時防疫策略集中在強制檢疫隔離、防堵病毒擴散、加強醫護專業治療，直到封鎖邊境及加強入境檢疫後，境外移入案例的壓力才減輕[66]。 其中國立臺灣大學公共衛生學院與彰化縣政府衛生局合作，針對高風險群進行血清抗體（英语：Seroprevalence）調查，引發諸多爭議與討論[68][69]。 中央流行疫情指揮中心與彰化縣政府啟動疫情調查協同作業，並執行匡列者居家隔離與居家檢疫[52]。 為了及早發現疑似個案，中央流行疫情指揮中心還啟動加強社區監測方案[53]。
台灣染疫人數: 疫情深度報導
在這期間，衛生福利部還特別委託公共衛生學會展開「防疫新生活健康行為監測研究計劃」，希望藉由公共衛生專業了解民眾的健康行為[304][541]。 在嚴重特殊傳染性肺炎疫情爆發後，中華民國政府重新呼籲國際社會讓臺灣取得參加世界衛生組織的資格[472]，並向國際社會分享防疫經驗[473]。 儘管臺灣仍可以透過部分指定渠道與世界衛生組織會員國共享訊息並分享專業知識，但無法像會員國一樣直接取得第一手疫情資訊、有效改進防疫策略[474]，或就防疫資料與經驗直接與世界其他地區交流[475][476][477]。 但此要求受到中華人民共和國激烈的反對阻饒，並稱以疫情為由要求加入世界衛生組織等行動是「以疫謀獨」[478][479][480]。 而基於中華人民共和國對於臺灣的「一個中國」原則[475][481]，世界衛生組織高層往往迴避臺灣問題及控制疫情經驗[477]。 指揮中心多次強調若散播關於防疫的不實訊息，最高可罰三年有期徒刑或併科三百萬元罰金[462]。
2021年5月15日，台灣本土確診病例單日暴增180例（校正後為185例），其中有48例感染源待釐清[39][40][41]。 臺北市、新北市即日起至5月28日（共計2週）提升防疫警戒至第三級，其他縣市依舊維持二級，同時避免二、三級區域之間不必要的移動[42][43]。 同日，桃園市[44]、基隆市[45]、新竹市[46]、新竹縣[47]、臺南市[48]、高雄市[49]、宜蘭縣[50]、臺東縣[51]、彰化縣[52]、雲林縣[53]、金門縣[54]、屏東縣[55][56][57]、南投縣[58]、苗栗縣[59]也都紛紛宣布進入「準三級」狀態[60][61][62]。 2月3日，中央流行疫情指揮中心宣布，考量國際疫情持續嚴峻，為確保開學前校園環境衛生安全、完備防疫作業與環境清潔消毒，高中職以下各級學校延後到2月22日開學，7月2日為最後上課日及休業式；大專校院、樂齡及社大等機構2月22日以後開學。 2月18日至21日延後開學期間，照顧12歲以下學童或國高中、五專前3年持有身心障礙證明的子女，家長1人可請防疫照顧假。 大型考試時間，四技二專二技統測（5月1日至2日）及國中教育會考（5月15日至16日），考試日程不變、考試範圍配合調整，另行公告。
台灣染疫人數: 畫面曝光！日本福島核廢水排放 台灣專家事前勘查
台灣2022年的死亡人數為20萬7,230人，相較前一年死亡人數18萬3,732人，增加2萬3,498人。 台灣染疫人數2023 而2022年COVID-19死亡個案為1萬4,699人，較2021年多出8,799人。 詹長權說，這是最大量的超額死亡，還需要扣除因自然老化而死亡的個案，每年台灣約有1、2,000人，因此COVID-19超額死亡粗估約6,000多人。
9月24日，正式開放「65歲以上」（長者）、長照機構住民、「18歲以上」（免疫不全及免疫力低下者）接種莫德納-雙價次世代疫苗（原型株+Omicron BA.1變異株）。 9月8日，指揮中心宣布首批1,728劑「COVID-19預防用Evusheld單株抗體」已於9月6日晚間抵臺，並於今日配送[212]。 台灣染疫人數 8月1日，衛福部食藥署召開專家會議，核准輝瑞－BioNTech疫苗用於6個月至4歲兒童的基礎接種，用法用量為施打3劑，每劑0.2毫升(含3微克的mRNA)，前2劑施打間隔至少21天，第2劑後間隔至少8週再施打第3劑[206]。 台灣染疫人數 7月22日，正式開放「50歲以上」（成人）[204]及「18歲以上」之因工作需求需出國（包括因外交、公務、洽商等工作需求需出國）民眾[205]接種「第二次追加劑」。 6月17日，衛福部食藥署召開專家會議，核准莫德納疫苗用於6個月至5歲兒童的基礎接種，施打兩劑，每劑0.25 ml(含25微克的mRNA)，施打間隔28天[192]。 並核准Novavax疫苗專案輸入，適用於18歲以上成人主動免疫接種以預防COVID-19，用法用量為施打兩劑，每劑0.5毫升(含5微克的SARS-CoV-2棘蛋白)，兩劑施打間隔3週[193]。
台灣染疫人數: 醫療檢驗
這些口罩產線被送往各地工廠生產，由紡織產業綜合研究所調節不織布等原物料供應[285]，國防部指派後備軍人協助分裝[286][287]。 臺灣各地6,000多家特約藥局藥師及衛生所協助發放口罩[289]，物流則由中華郵政負責[286][290]。 為了改善口罩分配不均的問題，政府先後透過「健康存摺」推出「口罩實名制2.0」和「口罩實名制3.0」，增加網際網路預購等通路[291]。 2021年5月19日，因應本土疫情升高，臺灣再度暫緩未持有中華民國居留證的外籍人士入境，並暫停旅客前來臺灣轉機[266]。
葉金川表示，2003年SARS一役，時任衛生署長陳建仁、疾病管制局（現為疾病管制署）局長蘇益仁，以及現任疾病管制署副署長莊人祥等人，在役後做了許多詳細的檢討與整備，包括修訂《傳染病防治法》。 COVID-19歷時3年，也應該要有一個總檢討，哪些地方做得好、做得不好，我們學到什麼、未來如何因應，才能讓這1萬5,000多條生命與各種努力有代價。 根據指揮中心最新修訂的「新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）感染臨床處置指引」第22版建議，單株抗體、瑞德西韋與抗病毒藥物，都建議在病程早期使用，才能有效降低病毒對人體的傷害；而類固醇等用藥，則用以降低身體發炎反應，避免發生免疫風暴。
台灣染疫人數: 疫情即時新聞
另，上周新增1例母子垂直感染個案，個案為居住於登革熱流行區之未足月新生兒，8月22日個案手腳出疹且活動力下降，8月24日就醫，因NS1快篩陽性通報確診，經衛生單位疫情調查，個案母親於8月8日分娩後持續發燒，8月9日就醫，因NS1快篩陽性通報確診。 對此，前衛生署長葉金川表示，從台灣與各國的COVID-19死亡數來看，台灣屬於中前段班，主要影響的因素為「長者的疫苗接種率」。 他認為，新加坡死亡數低，在於長者人口比例較低，加上養老院等機構強制打疫苗，長者的疫苗接種率比台灣來得高。 根據中央流行疫情指揮中心資料，疫情3年台灣COVID-19染疫死亡人數逾1萬5,000人，幾乎都集中在70歲以上人口，占了約77%。 病毒入侵人體後，需要靠免疫系統來將病毒清除，因此免疫力不佳者，是COVID-19的高危險群，最大宗的即是年長者、慢性疾病患者、免疫不全者，在3年疫情之下，死亡比例最高的也以這些族群為主。 隨著臺灣疫情相對穩定，2020年5月20日連任就職時，總統蔡英文的民意調查滿意度達到歷史新高的71%，衛生福利部部長陳時中的滿意度則突破80%[544]。
- 指揮中心解說「健保醫療資訊雲端查詢系統增列自主健康管理提示」運作方式，並再度提醒勿製造、轉傳虛假訊息，違者依《傳染病防治法》第63條[66]，最高可開罰新臺幣三百萬元以下罰金，或求處三年以下有期徒刑、拘役等刑罰。
- 4月23日，臺灣相隔121天（案771－2020年12月22日本土確診）後，再次出現本土病例（案1090），為華航貨機印尼籍機師10歲多的兒子[32][33]，指揮中心啟動疫調（澳洲確診華航機師）在臺活動、接觸史。
- 非洲領導人表示，由於大多數非洲國家在導致全球暖化的溫室氣體排放中所佔比重相當小，富裕國家應提供更多資金幫助他們適應氣候變遷並過渡到綠色能源。
- 國家衛生研究院整合擁有負壓P3等級實驗室的單位[338]，進行檢體檢測、病毒分離培養、及協助研發疫苗等工作[339][340]。
- 2019年SARS-CoV-2初被發現時為武漢病毒株，但到2020年暑假，已經不到全球占比的10%，取而代之的是從2020年3月，歐洲發生大規模疫情，變異出棘蛋白S基因上「D614G」胺基酸位點的變異株，這成為變異株的基底，至今所有的病毒株，都由這個D614G變異點上演化而來。
邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗報告；社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰；醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標[82][83]。 因應部桃醫院群聚感染事件，指揮中心持續強化感染管制作為，啟動「部桃專案」[10][11]。 台灣染疫人數 本平台係利用衛生福利部疾病管制署所開放之監測系統歷史資料 以人工智慧模型推估出未來四週之預測類流感就診人次， 此預測數值僅供參考，做為民眾提供自我防護之提醒。 疾管署說明，本土疫情持續升溫，今年截至8月28日累計3,026例本土病例，其中臺南市2,583例、雲林縣268例、高雄市109例、屏東縣26例、臺中市及嘉義縣各8例、新北市5例、臺北市及新竹市各4例、桃園市3例、新竹縣、苗栗縣、彰化縣及南投縣各2例，全國已有半數以上縣市曾出現病例，病例數為近10年同期次高。
台灣染疫人數: 本土疫情大規模爆發（三級警戒）
6月2日，台灣本土確診病例單日新增372例（校正後為488例），確診病例新增12例死亡，並公布5月19日至6月1日經校正回歸新增本土確診177例[100][101]。 5月31日，台灣本土確診病例單日新增274例（校正後為395例），確診病例新增15例死亡，並公布5月16日至30日經校正回歸新增本土確診73例[97]。 5月30日，台灣本土確診病例單日新增266例（校正後為425例），確診病例新增10例死亡，並公布5月25日至29日經校正回歸新增本土確診89例[94][95][96]。 5月29日，台灣本土確診病例單日新增320例（校正後為415例），確診病例新增21例死亡，並公布5月22日至28日經校正回歸新增本土確診166例，新增死亡案例數創單日新高[93]。 5月28日，台灣本土確診病例單日新增297例（校正後為415例），確診病例新增19例死亡，並公布5月16日至27日經校正回歸新增本土確診258例[91]，新增死亡案例數創單日新高[92]，亦超過SARS時期73例死亡人數。
疾病管制署設有防疫醫師，蒐集疫情訊息並評估風險、規劃包機與郵輪專案、協助公共衛生與臨床聯繫、及參與疫情調查和防治等[310]。 地方政府衛生局、衛生所等衛生單位亦進行社區衛生教育工作，發動民眾以志工方式協助，逐漸建立臺灣社區防疫網[311]。 環保清潔隊、中華民國國軍化學兵及民間業者則能執行消毒工作控制疫情[312]。 中央流行疫情指揮中心還成立疫情關懷中心，並有600多位退休的護理專業志工報名[313]。
