這階段在2022年間，先後發生「防疫旅館、醫院」、桃機、高雄港等地分別發生Omicron變異株（BA.1及BA.2）的本土群聚感染事件，均受到「境外移入」感染者影響，進而形成本土大規模感染，導致疫情加劇。 根據國家廣播公司新聞網（NBC News）彙整數據，美國染疫病故人數4日累計破100萬例，Omicron亞種BA.2出現亞種，使得全美疫情又有升溫趨勢。 隨著第5波疫情趨緩，香港5日起放寬餐飲店每桌人數，由原先4人增至最多8人；一早不少市民到酒樓飲茶，普遍對放寬社交距離措施表示高興。 官方5日通報新增感染者39例，且存在兩條獨立傳播鏈，目前已波及15個行政區，社會面仍有零星隱匿傳染源，傳播途徑尚未完全阻斷。 上海本土確診病例每日通報數字持續下降，4日新增確診病例261例和無症狀感染者4390例，合計4651例。
指揮中心今（19）日公布新增90,331例本土個案，及47例境外移入，死亡59例。 2022年1月下旬起疫情在香港社區蔓延，初期個案集中在葵涌邨，後來蔓延至其他地區，並出現Omicron變異病毒株及Delta變異病毒株同時傳播[77]。 2月1日是農曆新年，新年假期的跨家庭聚會、拜年及團年活動，使疫情在2月5日起急劇惡化。
5月17日確診人數: 全世界確診者超過2.240億、死者超過462.5萬（9月10日）
但到了2021年5月，因應第三級防疫警戒，教育部宣布各級學校及公私立幼兒園停止前往機構上課，而兒童課後照顧服務中心、補習班等各類教育機構亦同步配合停課，所有學生均在家遠距教學[102]。 同時期，諸如音樂廳、博物館、美術館、電影院等公共場所皆必須關閉[95][381]。 5月17日確診人數 在救護運送部分，臺灣由各家醫療院所、消防局與民間公司的救護車負責[332]。
衛生福利部還為各級學校、幼兒園、實驗教育機構及團體、補習班、兒童課後照顧中心及托育中心提出防護建議及健康管理措施[368]。 這次防疫充分運用智慧科技防疫（英语：Use and development of software for COVID-19 pandemic mitigation），由行政院透過個人可識別資訊整合各部會資料庫[352]，建置出「智慧防疫系統」[353]。 同時行政院還成立「防疫大數據小組」，透過大數據、人工智慧、資料分析協助疫情調查與流行病學分析[354]。 全民健康保險卡及雲端系統則成為防疫網絡的關鍵基礎，在口罩分配、民眾就醫紀錄、檢疫隔離與返臺資訊等面向發揮重要功能[355]。
5月17日確診人數: 全世界確診者超過2.179億、死者超過452.8萬（8月31日）
（中央社記者陳婕翎、江慧珺台北17日電）中央流行疫情指揮中心今天公布國內新增335例武漢肺炎確定病例，分別為333例本土及2例境外移入，雙北首次雙雙單日本土個案皆破百，台北市158例、新北市148例。 （中央社記者張茗喧、余曉涵台北14日電）指揮中心宣布，今天國內新增6.3萬例COVID-19本土病例，與昨天少約2%，死亡增40例、中重症增130例；死亡個案中有3例不到50歲，中重症個案則有39例從未打疫苗。 指揮中心再次呼籲，民眾應儘速完成疫苗接種，落實手部衛生、咳嗽禮節及佩戴口罩等個人防護措施，減少不必要移動、活動或集會，避免出入人多擁擠的場所，或高感染傳播風險場域，並主動積極配合各項防疫措施，下載及使用「臺灣社交距離APP」，共同嚴守社區防線。 最新：今日 5/17 新增確診案例 65,794 例本土、39 例境外，昨日確診（5/16)新增確診案例61,697例本土、 57 例境外。 中央流行疫情指揮中心已停止公布確診者足跡，確診案例逐漸增多，請務必提高警覺。並且即日起取消營業場所/公共場域(含交通運輸/餐飲場所等)實聯制措施，鼓勵民眾下載及使用「臺灣社交距離APP」。 台北市為 158 例新增個案，以萬華區 89 例最多，台北市市長柯文哲也在0下午 3 點半召開最新防疫記者會。 柯文哲表示，今天下午中央公布確診人數 333 人，事實上昨天 1130 人有陽性 113 人剛好是 10 %，新冠肺炎已經是社區感染，目前呼籲教育部管轄的大專院校一併也停課。
衛生福利部還在臺灣各縣市共設置22個專責醫院，必要時可以清空醫院收治患者[324]。 各地區應變醫院則透過過往經驗及整備表單，迅速自我檢查及整備完成（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on hospitals）[325]。 5月12日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，新增「居家隔離」及「自主防疫」或「居家檢疫」期間使用「家用快篩」檢測陽性，經醫事人員確認為確診條件[183][184]。 4月21日，指揮中心估染疫率約萬分之17，並表示若染疫率達15%至20%，就是實質「與病毒共存」，目前政策以減災為目標，重點在疫苗、藥物與輕重症分流[175]。 12月27日，指揮中心表示，歐盟執委會於2021年12月21日宣布台湾正式加入「歐盟數位新冠證明」系統。
5月17日確診人數: 全世界確診者超過4.510億、死者超過604.6萬（3月11日）
除非出現全新的變種病毒，否則未來一年再出出現如第五波般大爆發的機會很微[15]。 嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情是指在中華民國發生的嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情。 5月17日確診人數2023 自2023年3月20日至2023年5月27日止，臺灣累計併發症病例8,454例（25例境外移入案例、其餘為本土病例）。 截至2023年3月12日止，各縣市確診率以新北市52.24%最高，其次為基隆市50.37%。 確診率最低者為金門縣18.94%（以戶籍人口統計，若以實際常住人數確診率應為50%左右）。 依鄉鎮市區統計截至2023年3月19日止，新北市汐止區確診率最高，達61.2%（相當2人至少有1人確診）。
案13332、案13333分別為本國籍50多歲女性及未滿10歲男性，6月6日一同自秘魯返臺，持有搭機前3日內檢驗陰性報告，入境後至自宅居家檢疫，2人於6月11日出現發燒等症狀，6月14日通報衛生單位後安排採檢送驗，於今日確診。 指揮中心指出，今日新增10例本土病例死亡個案，為4例男性、6例女性，年齡介於30多歲至90歲以上，皆屬重度感染個案與具慢性病史。 5月17日確診人數 確診日介於今(2022)年4月21日至5月3日，死亡日期介於4月29日至5月2日。 本土疫情不斷升溫，短短一周，台灣本土疫情，單日確診個案就從萬例，衝破3萬例。
5月17日確診人數: 全世界確診者超過2.399億、死者超過489.4萬（10月14日）
個案分布以臺北市7例為最多，其次為新北市6例、基隆市3例、桃園市2例；其中13例為已知感染源，餘5例關聯不明，將持續進行疫情調查，以釐清感染源。 中央流行疫情指揮中心今(20)日公布國內新增24例COVID-19確定病例，分別為18例本土及6例境外移入；另確診個案中新增4例死亡。 指揮中心指出，今日新增17例本土病例死亡個案，為9例男性、8例女性，年齡介於60多歲至90歲以上，皆屬重度感染個案、15例具慢性病史、6例無疫苗接種。
醫療院所在就診時會紀錄旅遊史、職業別、接觸史及群聚等資訊，並遵循感染管制規定（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on international relations）進行篩檢及治療（英语：Treatment and management of COVID-19）[326]。 感染科醫師和隔離病房醫護人員便直接面對確診個案，前者往往還負責監控最新訊息及進行教育訓練[327]。 因應醫護人員需求大增，中央流行疫情指揮中心有條件限制出境（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on healthcare workers）[329]，醫事司亦規劃降載計劃[330]。 衛生福利部為了避免院內感染還管制陪病，一度全面實施除例外情況外不得探病，直到疫情趨緩才鬆綁[331]。 臺灣醫療體系自此重視感染管制措施，將院內感染管制列為例行醫院評鑑中的查核項目[10]。
5月17日確診人數: 直播／連2天確診破3萬！今本土+36,168 、增10名死亡 境外+45
隨著疫情爆發和減少主動預約病人回診，醫療院所及基層診所門診就醫人數大幅下降（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on other health issues），就醫人數減少最多的前三名為「小兒科」、「復健科」以及「耳鼻喉科」[542]。 由於人們對於呼吸系統疾病警覺性和關注度提高，並且配合戴口罩、勤洗手和保持社交距離等措施，感染方式、防治措施都與嚴重特殊傳染性肺炎類似的流行性感冒、腸道病毒等疾病在臨床檢體陽性率、類流感門診人數、併發重症病例數等都有顯著下降[542]。 因民眾洗手次數增加，經濟部水利署的統計指出平均日用水量比同期增加2.7%[543]。
北市衛生局疾管科科長張惠美說，這個泰國旅遊團共有31人，於7月30日前往泰國旅遊，其中30人在8月9日回國，另一人在8月11日入境。 疫調顯示有5名確診病例在泰國期間都有被蚊子叮咬的經歷，他們在8月5至9日之間出現了發燒、頭痛、肌肉痠痛和後眼窩痛等登革熱的典型症狀，回國後在8月9至14日之間陸續確診登革熱。 5月17日確診人數 5月17日確診人數 案15129為本國籍30多歲男性，6月30日起陸續出現頭痛、喉嚨痛及流鼻水等症狀，7月3日自印尼返台，持有搭機前3日內檢驗陰性報告，入境時主動通報有症狀並在機場採檢，於今天確診；已掌握個案同行返台友人1名，其在台期間並無症狀，檢體檢驗中，已列居家隔離，同班機接觸者匡列中。 今天新增2例境外移入中，案15113為本國籍50多歲女性，7月2日自柬埔寨返台，持有搭機前3日內檢驗陰性報告，入境時有發燒症狀，在機場採檢後送醫治療，於今天確診，相關接觸者匡列中。
5月17日確診人數: 本土＋20,116！40多歲男癌復發院內感染亡，指揮中心人事大搬風！
指揮中心再次呼籲，民眾應落實手部衛生、咳嗽禮節及佩戴口罩等個人防護措施，減少不必要移動、活動或集會，避免出入人多擁擠的場所，或高感染傳播風險場域，並主動積極配合各項防疫措施，共同嚴守社區防線。 中央流行疫情指揮中心今(17)日公布國內新增175例COVID-19本土確定病例，另確診個案中新增19例死亡。 指揮中心表示，今日新增之175例本土病例，為100例男性、75例女性，年齡介於未滿5歲至90多歲，發病日介於今(2021)年6月3日至6月16日。 個案分佈以新北市87例最多，其次為臺北市34例，苗栗縣31例，新竹縣10例，桃園市7例，花蓮縣、基隆市及臺中市各2例。
- 近期國內陸續出現BA.4、BA.5社區傳播案例，對此，精神科醫師沈政男也提醒，目前尚未確診過且4月前就打過第3劑的人最該注意，因為BA.5的保護力已經降到相當低的程度，「感染BA.5的風險跟沒打疫苗差不多」。
- 第3、擴增社區採檢點及防疫門診，及早確診分流及用藥，減少重症，保全醫療量能。
- 為了及早發現疑似個案，中央流行疫情指揮中心還啟動加強社區監測方案[53]。
- 國內今天新增本土個案5萬2213例、境外移入個案33例、死亡個案171例。
- 確診個案中新增19人染疫病逝，皆有慢性病，8人未接種疫苗，指揮中心呼籲符合資格者儘速接種。
- 羅智強指出，現在全球的疫情正在降溫，但昨天台灣的新增確診數，已經升到全世界第二名。
陳時中昨（6日）在防疫記者會上坦言，造成黑數有兩大原因，第一，檢驗速度跟不上確診數，就會有些確診數字被遺漏。 然而，最後「堵疫」策略破功，也是因為「空」與「地」的交互作用：中華航空的貨機機師、機組員防疫旅館「桃園諾富特飯店」出現感染案例，病毒隨著確診者足跡快速移動，在「新北獅子會案」與「萬華茶室案」中，進一步讓本土感染擴大。 「空」中的機師、機組員，與台灣「地」面上充滿活力的基層聯誼文化、性產業群體交互作用，終導致台灣正式進入社區感染階段。 上海11日新增本土病例144例和無症狀感染者1305例，合計1449例，另有5例死亡案例。 連續兩日新增病例數維持在1000多例，顯示疫情趨緩，與民生相關的美容美髮業近日宣布有條件復工。 印度政府18日通報的COVID-19單日確診數比前一天幾乎翻了一倍，來到逾2000例，為一個月來首見。
5月17日確診人數: 全世界確診者超過1.826億、死者超過395.8萬（6月30日）
臺灣亦在這次防疫工作中首創全球第一個智慧防疫系統，而包括烏拉圭、美國、澳洲、印度尼西亞、瑞士、義大利、卡達、沙烏地阿拉伯等超過10個國家都透過管道洽詢[529]。 此後臺灣仍與嚴重特殊傳染性肺炎疫苗全球取得共享機制COVAX簽約，確保臺灣能分配到476萬劑疫苗[490][491]。 除了加入COVAX計劃外，臺灣還另外分別購買1,000萬劑牛津－阿斯特捷利康嚴重特殊傳染性肺炎疫苗、以及505萬劑莫德納嚴重特殊傳染性肺炎疫苗[490]。 海峽兩岸關係也影響臺灣疫苗的採購進度[492]，其中輝瑞－BioNTech 嚴重特殊傳染性肺炎疫苗便被指遭受中國阻饒[493][494][495]。
內政部對此與各地宗教團體溝通，多數宗教團體都願意因應疫情停辦或暫緩活動[439][441][442]。 5月17日確診人數 在疫情控制得當後，隨著「防疫新生活運動」鬆綁各項活動，大甲鎮瀾宮[443]、白沙屯拱天宮等重啟媽祖繞境進香[439][444]。 其他像是嘉義市輪流普渡等、原住民族文化祭典等傳統活動也都受到疫情影響[445][446]，不過臺灣在疫情期間亦曾舉辦驕傲遊行（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on the LGBT community）[447]。 在進入三級防疫警戒後，臺灣的大眾運輸、休閒場所等地的人流明顯下滑，不過日常採買仍維持基本人流[448]。 隨著臺灣防疫限制鬆綁，只適度地開放低風險國家和商務往來，並允許持有「就業金卡」的高技能工作人員入境[262][263]。
