1月11日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」將在15至16日重新上線，並於17日起開始施打[152][153]。 12月29日，因「COVID-19疫苗公費預約平臺」暫緩使用，衛福部疾管署正式推出疫苗地圖「COVID-19 防治一網通」[145][146][147][148]。 12月9日，台灣間隔34天後，再度出現本土個案，為中研院一名女研究員，她在實驗過程中不慎感染[136]。 11月25日，指揮中心宣布，接種第1劑「AZ」滿8週者，無論是否登記混打意願，都可向醫院預約混打「BNT」或「莫德納」[127][128][129]。 2021年1月12日，衛生福利部桃園醫院爆發群聚感染事件，一度進入封鎖醫院的階段，最終累計21例[86][87][88]。
兩架撤僑班機共361人返臺，統一送至三處集中檢疫所進行14天隔離[126]。 同日，中央流行疫情指揮中心將歐洲十六國[註 5]的旅遊疫情警示升為第一級（一級 一般措施）；歐洲八國及中東兩國[註 6]的旅遊疫情警示升為第二級（二級 加強防護）。 嚴重特殊傳染性肺炎自中华人民共和国湖北省武汉市爆發後，有網友整理相關資訊[註 2]於2019年12月31日凌晨於批踢踢發布[9]。 衛生福利部疾病管制署（下稱疾管署）副署長羅一鈞看到此資訊後於同日上午寄電子郵件向中國大陸疾控中心查證[10]，同時發電子郵件至世界衛生組織「國際衛生條例」（IHR）聯繫窗口[11]，郵件中特別提及「非典型肺炎」、「病患已進行隔離治療」等字樣，強烈暗示具人傳人之可能性[12]。 同日傍晚6點，疾管署臨時召開記者會說明武漢市的疫情，也馬上開始針對自武漢直航入境之班機進行登機檢疫[10][13][14]。 2020年1月，隨著疫情擴大，疾病管制署先是規定返回臺灣就讀的中國大陸學生配合自主健康管理，後來全面暫緩中國大陸學生入境，從而引發爭議[364][365]。
解封日期: 社區防疫
立法院新會期今天開議，行政院長蘇貞昌上午赴立院備詢，進入議場前蘇貞昌接受媒體記者聯訪。 針對防疫解封，蘇揆表示國內疫情穩定控制，這幾天確診也都連續下降，所以已經宣布要第一階段的開放；經過一周觀察後， 沒有重大變化的話，會經過2週的預告，預計於10月13日解封、恢復正常生活。 配合防疫降級，陽明山國家公園7/27起將開放「開放型步道」及「戶外休憩點」包含涼亭、公共廁所等，但生態保護區、天溪園、室內的生態教育中心、冷水坑溫泉浴室、冷水坑泡腳池、獨立視聽室、飲水機維持封閉。
2月25日，立法院三讀通過《嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例》[55]，分為防治、紓困、振興、罰則四部分[56]。 解封日期 1月22日，中華民國總統蔡英文召開國家安全高層會議，要求行政院與衛生福利部有效協調各部會及各地方政府[31]。 1月15日，疾管署將嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型列為第五類法定傳染病，定名為「嚴重特殊傳染性肺炎」[25][26]。
解封日期: 三級警戒延到7/26 微解封場所範圍出爐【更新】
不過在酒店、茶室、舞廳、三溫暖等八大行業業者數次被要求停止營業後，讓部分相關女性轉入地下工作[434][435][436][437]。 活動期間將透過與各地方政府共同推動，由各縣市安排/指定合約醫療院所提供接種服務，並運用增設疫苗診次及設置社區接種站等方式，增進民眾接種可近性[231]。 中央流行疫情指揮中心與彰化縣政府啟動疫情調查協同作業，並執行匡列者居家隔離與居家檢疫[52]。 為了及早發現疑似個案，中央流行疫情指揮中心還啟動加強社區監測方案[53]。 防疫新措施再進一步，因疫情已走向常態化，中央流行疫情指揮中心宣佈COVID-19將從第五類法定傳染病改為第四類，同時指揮中心將於2023年5月1日「功成身退」解編，未來如疫情再起，衛福部防疫團隊仍會和專家小組持續整備應變。 因應「防疫新生活」，原本的「疫苗接種假」也將解編退場，未來回歸一般性請假規定。
2月3日，教育部部長潘文忠表示，為了防止武漢肺炎疫情擴散，大專院校統一延後到2月25日以後開學，中國大陸學生2月9日後維持暫緩赴台，但學期仍要維持18週，高中（含）以下學校延後開學，由原訂開學日之2月11日，更動為2月25日開學，且將暑假延後至7月15日[50]。 針對國中會考、統測等考試日程和入學措施時程則不變，因應開學時間延後和課程實施調整，會請相關考試單位調整考試範圍[52]。 針對研究所入學考試事宜，各校以不影響學校考試和考生的準備，依原計畫進行，但辦理入學考試事務時須依照，進行高規格防疫措施[53]。 同日蘇貞昌院長宣布口罩購買政策，2月4日起四大超商停止販售口罩，並自2月6日起購買口罩採實名制，民眾需使用健保卡在全台六千多家健保特約藥局或衛生所（偏鄉地區）購買，每個人在7天內限購2片，一人可持兩張健保卡，一片降價為5元[54]。 晚間，首批撤僑專機有247人搭乘中國東方航空抵達台灣，再由專車載至新北市及台中市等檢疫所[55]。
解封日期: 連10天上升 本土+2萬7942例 226例境外、25死 上升46.7%
截至2023年3月12日止，各縣市確診率以新北市52.24%最高，其次為基隆市50.37%。 確診率最低者為金門縣18.94%（以戶籍人口統計，若以實際常住人數確診率應為50%左右）。 依鄉鎮市區統計截至2023年3月19日止，新北市汐止區確診率最高，達61.2%（相當2人至少有1人確診）。
後續2021年發生萬華疫情時，發現偽陽性的機率被高估，並且由於指揮中心反對演練、快篩試劑未列入物資整備，造成本土傳播發生時動員緩慢、檢驗結果積壓延遲通報[471]。 社會工作者則為遊民等弱勢族群進行訪視關懷、提供防疫物資與衛生教育宣導，並到社區及相關社會福利機構服務[430]。 隨著疫情趨緩，社會工作者則依規定審核補償和紓困金並撥付給民眾，並針對生活困苦的家庭提供關懷輔導服務[431]。 而在疫情期間，隨著臺灣的「合法移工」人數下降、「非法移工」人數持續上升，許多僱用「家務移工」照顧長輩的雙薪白領家庭受到影響[432]。 相對於醫院內部照顧員和看護不願接案，許多家屬則必須自己輪班進入醫院陪病[433]。
解封日期: 台灣水鹿現蹤台南龍崎 研判有穩定族群棲息
另一方面，後來新北市「加利」和彰化縣「豪品」口罩工廠先後被發現混充大陸口罩[300]。 中央流行疫情指揮中心負責重要防疫政策的制定，分別由衛生福利部部長陳時中擔任指揮官、及內政部政務次長陳宗彥擔任副指揮官，並邀請國立臺灣大學副校長張上淳擔任專家諮詢小組召集人[233]。 中央流行疫情指揮中心常態會議由各部會副首長進駐合作，並透過與地方政府官員進行視訊會議建立雙邊溝通平臺[234]。 因應疫情的發展變化，中央流行疫情指揮中心不斷更新政策，甚至有時會推翻前期的防疫措施[235]。 隨著疫情發展及醫療治療介入需要，專家諮詢小組亦邀集不同專業的醫界人士組成討論[236]。
蘇貞昌說，感謝民眾的團結合作，以及第一線醫護人員和防疫人員這2年多來的辛苦，大家終於走到COVID-19（2019冠狀病毒疾病）疫情要結束前的最後一哩路，雖然最近國外有疫情，但國內都在穩定控制及預測範圍內，這幾天確診數也連續下降。 位於離島的「澎湖南方四島國家公園」開放民眾可事先申請特別景觀區（包含玄武岩）海陸域環境教育活動、水域體驗活動，但人數將維持20人以下。 東吉嶼東岸、東嶼坪嶼南岸、西嶼坪嶼北岸開放單人水域活動，例如水肺潛水、立槳及獨木舟活動，一人立槳及獨木舟，浮潛、游泳活動尚不開放。 無法全程配戴口罩的水域活動原則不開放，但單人水域活動例如立槳、獨木舟、水肺潛水、衝浪、水上摩托車，若能符合不群聚、不頻繁接觸即可開放，惟活動前後須配戴口罩、不能群聚需保持社交距離。 而為落實防疫規定，水上摩托車僅開放拖曳項目，乘客間須保持1公尺以上距離，立槳及獨木舟不開放2人以上共乘。 因應警戒降級，雪霸國家公園管理處的室內遊憩據點採實聯制及總量管制，戶外武陵遊憩區、雪見遊憩區、觀霧遊憩區皆有條件開放，但山屋、登山營地一律不開放。
解封日期: 疫情指揮中心一級開設
其後臺灣提出四波醫療物資的援外計劃，送往美國、加拿大、拉丁美洲暨加勒比海地區、歐洲、亞太地區、新南向政策國家、西亞及非洲地區等80個國家，協助各國強化防疫工作[500]。 中央流行疫情指揮中心則發起「護臺灣，助世界」的口罩人道援助活動，民間企業亦有捐贈行動（英语：Charitable activities related 解封日期2023 to the COVID-19 pandemic）[501]。 根據統計，臺灣共捐贈超過5,000萬枚口罩、131臺熱像儀、35,000支額溫槍、250組體溫量測系統等相關醫療設備[502]。 解封日期 臺灣還曾邀請美國、日本、加拿大等14個國家舉辦視訊論壇，針對防疫進行深入交流[503]。
在疫情初期，近十臺電視頻道、YouTube、網路媒體便重複播放防疫宣導廣告（英语：Public service announcement），從各層面教育民眾一起防範疫情[418]。 在疫情初期，儘管民間一度出現搶購口罩、酒精、衛生紙等物資情況[419][420]，亦有民眾發起「我OK，你先領」口罩禮讓運動[421]。 其後民眾大多加強落實量測體溫、配戴口罩、保持清潔、保持社交社交距離等，公共場所和業者亦提供消毒搓手液及設備、設置隔板、出入實名制/連名制登記、人流管制及環境消毒等防疫措施[423]。 解封日期 由於禁止旅客入境及居家工作模式，大眾運輸（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on public transport）站點的搭乘人數大幅度減少[397][424]，不過公園造訪率則增加[425]。 2020年4月，有民眾發起募資行動，將「Taiwan Can Help」的精神刊登廣告在《紐約時報》[426][427]。 2021年5月，在雙北防疫警戒提升至第三級，有民眾於網路上提出「看好了世界」口號[428][429]。
解封日期: 「0+7」期間陽性出門如何罰？ 指揮中心給答案
3月17日，中央流行疫情指揮中心將全球各國（除第二、三級國家與地區之外）的旅遊疫情警示升為第一級（一級 解封日期 一般措施）；歐洲四十國、中東十六國與一地區、北非五國及中亞九國[註 8]的旅遊疫情警示升為第三級（三級 不宜前往）。 從第三級國家、地區入境者應居家檢疫14天，外國無住所旅客可至集中檢疫所付費居住；從其餘國家入境者應落實14天自主健康管理[132]。 非必要前往旅遊疫情建議等級第三級等國家或地區，返台後接受隔離或檢疫者，不得領取補償，並加徵必要之費用，費用將另外公布。
在中國湖北武漢的血友病童基於醫療需求須搭機返臺，全程均有防護措施，返臺後必須強制隔離14天[100]。 2月11日，中央流行疫情指揮中心宣佈針對疫情狀況調整為港澳（三級 避免前往）、新加坡（二級 加強防護）、泰國（一級 注意防護）[70]。 外交部領事事務局因應菲律賓片面禁止台灣公民入境措施，同步將菲律賓旅遊警示提升至紅色（不宜前往 儘速離境）[71]。 晚間，陸委會宣佈疫情期間有條件開放中國大陸籍非中華民國籍子女來臺的措施，引發社會議論[72]。 每片口罩定價為新台幣8元[45]，由於年假結束生產線漸漸恢復產能，2020年2月起降為每片6元[46]。
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不過前疾管局長蘇益仁認為，一旦邊境解封，光是對岸台商返台人數可能每天會增加到數千人入境，國內是否有足夠的檢驗量能，需要做更多討論。 本土疫情仍處高原期，有基層診所醫師發現，近期不只新冠確診病人多，流感疫情也蠢蠢欲動，有些病人出現發燒或咳嗽等呼吸道症狀，但新冠快篩卻是陰性，到診所進行流感快篩才呈現陽性。 對此有專家表示，要回歸正常生活都需要經歷與病毒共存的陣痛期，所幸國人第3劑疫苗涵蓋率已達7成2，即使有新變種病毒入侵，未來單日確診數最多只有5萬多例。 當時指揮中心提醒，外出時有飲食需求者，得在與不特定對象保持社交距離或有適當阻隔設備之情形下，於飲食期間暫時取下口罩。
- 若到了第四級疫情警戒，則進入非必要不得外出（英语：Cocooning (behaviour)）、全面停班停課、指定區域封鎖（英语：COVID-19 lockdowns）的階段[95]。
- 「口罩實名制」改為兒童每14天10片，成人改為每14天9片，取消原先身分證號末碼單雙號分流限制，並放寬兒童、成人口罩類型限制，可依個人臉型購買。
- （台灣英文新聞／朱明珠 綜合報導）衛福部今（29）日說，10月13日起實施「0+7」，入境人員免隔離，改採7天自主防疫，在入境當天或自主防疫第1天和有症狀時快篩，自主防疫期間如須外出，需有2日內陰性結果。
- 同時因應鑽石公主號郵輪已爆發群聚感染（英语：Disease cluster），中央流行疫情指揮中心透過災防告警系統針對臺灣北部發佈防疫訊息，提醒1月31日曾去相關觀光景點的旅客，請自主健康管理至2月14日[62][63]。
- 在中國湖北武漢的血友病童基於醫療需求須搭機返臺，全程均有防護措施，返臺後必須強制隔離14天[100]。
交通部部長林佳龍指示，23日至29日共10个武漢赴台旅遊團也協調取消[28]；為配合防疫政策，內政部移民署在同日晚間已針對觀光局所提供擬於1月底赴台的武漢團24團429人辦理廢證，且即日起暫停核發武漢旅遊團的入境許可[29]。 2021年中華民國全國疫情第三級警戒，簡稱2021年全臺三級警戒，是中華民國在2021年因應嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）疫情的管制措施。 5月15日，中華民國行政院臨時召開記者會，行政院院長蘇貞昌、衛生福利部部長兼中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中、內政部部長徐國勇、經濟部部長王美花、行政院發言人羅秉成共同宣布，臺北都會區（臺北市、新北市）提升疫情警戒至第三級至5月28日。 5月19日，中央流行疫情指揮中心宣佈，因臺灣本土疫情持續嚴峻，將第三級防疫警戒範圍擴大至全國、至5月28日[1][2]。 5月25日，中央流行疫情指揮中心宣布，全國第三級警戒首次延長至6月14日[3]。
解封日期: 三級警戒期間全國性應變措施
與此同時，蔡英文曾接受《時代》雜誌邀請撰寫專文，向國際社會分享臺灣成功防疫的經驗[515]。 解封日期2023 中華民國副總統陳建仁也曾參與英國國會下議院聽證會，及接受日本產業經濟新聞社、英國廣播公司等訪問[516]。 外交部和衛生福利部先後建置「因應武漢肺炎國際分享專區」及「COVID-19臺灣防疫關鍵決策網」，整合中央政府與地方政府各項防疫過程[517]。
(二)入境前14日內有疑似COVID-19症狀旅客，請主動於入境時通報疾病管制署之機場／港口檢疫人員，依檢疫人員評估，配合於國際港埠或後送醫院採檢。 8月17日，彰化縣衛生局長葉彥伯主動採驗無症狀居家檢疫者，而後被檢疫者確診，由於不符合指揮中心篩檢作業程式，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中同日下令政風處調查採檢流程是否符合程序及採檢理由，引發爭議[234][235]。 7月8日，放寬居家隔離/檢疫者奔喪或探視之次數及時間，隔離/檢疫5天後無症狀且檢驗陰性者，經醫院同意後由地方衛生單位安排外出，無論探病、奔喪或辦理喪事均以每天1次、每次2小時為原則，期間不得搭乘大眾交通工具，需全程佩戴口罩並保持安全社交距離[226]。 3月14日，中央流行疫情指揮中心將美國華盛頓州、紐約州及加利福尼亞州的旅遊疫情警示升為第二級（二級 加強防護）。 自14時起尚未從歐洲二十七國及中東一國[註 7]登機者，需居家檢疫14天[130]。 2月5日，陳時中部長兼指揮官宣布，因中國大陸疫情持續上升，中國大陸全境皆被列入二級以上流行區，居住中國各省市的中國大陸籍人士均全面暫緩入境，返臺居民如有中國大陸居留、停留與旅遊的紀錄，亦列入居家檢疫對象[57]。
