這個時期，總共爆發三波大規模Omicron感染事件，本土病例主要病毒株為「Omicron」亞型變異株。 1月11日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」將在15至16日重新上線，並於17日起開始施打[152][153]。 2021年度累積：確診數16,230例（本土14,544例、境外1,671例、航空器1例、調查中14例）、空號111例、843死亡。 指揮官陳時中說，現在只要有預約，不管是否只剩1人都可以開新瓶使用[120][121]。
國家衛生研究院、中央研究院、國光生技、高端疫苗生物製劑、聯亞生技開發等也分別研發疫苗[347][348][349]，並採取快速審查（英语：Rapid reviews）機制[350]。 為了加速相關研發所需的法規審查，食品藥物管理署則建立專責輔導團隊，並製備病毒標準品提供給相關機構[351]。 5月1日，「嚴重特殊傳染性肺炎(COVID-19)」調整為第四類傳染病；且「中央疫情指揮中心」正式解編，並由衛福部成立跨單位防治聯繫會報持續「COVID-19」整備應變工作[232]。 5月26日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，民眾使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，不分年齡及族群，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[190]。 5月18日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，65歲(含)以上且非居家隔離、自主防疫、居家檢疫者，使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[188]。
確診地區: 確診者處置方式
隨著疫情爆發和減少主動預約病人回診，醫療院所及基層診所門診就醫人數大幅下降（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on other health issues），就醫人數減少最多的前三名為「小兒科」、「復健科」以及「耳鼻喉科」[542]。 由於人們對於呼吸系統疾病警覺性和關注度提高，並且配合戴口罩、勤洗手和保持社交距離等措施，感染方式、防治措施都與嚴重特殊傳染性肺炎類似的流行性感冒、腸道病毒等疾病在臨床檢體陽性率、類流感門診人數、併發重症病例數等都有顯著下降[542]。 因民眾洗手次數增加，經濟部水利署的統計指出平均日用水量比同期增加2.7%[543]。 這次防疫充分運用智慧科技防疫（英语：Use and development of software for COVID-19 pandemic mitigation），由行政院透過個人可識別資訊整合各部會資料庫[352]，建置出「智慧防疫系統」[353]。
在救護運送部分，臺灣由各家醫療院所、消防局與民間公司的救護車負責[332]。 而臺灣的病毒檢驗是至少要有兩位醫事檢驗師同時操作，數量多時完成一批約需4小時至5小時[333]。 中央流行疫情指揮中心則增加採檢醫院擴大檢驗量能，並滾動調整責任區域以符合實際需求[334]。 直至2020年9月，臺灣總共設有72家指定檢驗機構，每日聚合酶連鎖反應檢驗量最大達8,904件以上[335]。
確診地區: 本土病例中重症個案數
由於最初徵用25家口罩大廠每天僅生產320萬副口罩，行政院同意經濟部新增產線提供產量的構想[281]。 提醒民眾出入醫療照護、公共運輸、生活消費、教育學習、觀展觀賽、休閒娛樂、宗教祭祀及洽公機關（構）等八大類高感染傳播風險場域，因不易與他人保持社交距離，且會近距離接觸不特定對象，請務必佩戴口罩，並應落實勤洗手、咳嗽禮節等個人衛生習慣，以降低感染風險。 民眾自國外入境時，如有發燒、咳嗽等不適症狀，應主動通報檢疫人員，並配合防疫措施；入境後應落實居家檢疫，期間如出現疑似症狀，請主動聯繫衛生局或各縣市關懷中心，並依指示就醫，勿搭乘大眾運輸工具。 就醫時請告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚(TOCC)，以供及時診斷通報[29]。
其後民眾大多加強落實量測體溫、配戴口罩、保持清潔、保持社交社交距離等，公共場所和業者亦提供消毒搓手液及設備、設置隔板、出入實名制/連名制登記、人流管制及環境消毒等防疫措施[423]。 由於禁止旅客入境及居家工作模式，大眾運輸（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on public transport）站點的搭乘人數大幅度減少[397][424]，不過公園造訪率則增加[425]。 2020年4月，有民眾發起募資行動，將「Taiwan Can Help」的精神刊登廣告在《紐約時報》[426][427]。 2021年5月，在雙北防疫警戒提升至第三級，有民眾於網路上提出「看好了世界」口號[428][429]。
確診地區: 本土疫情大規模爆發（三級警戒）
縣長翁章梁表示，「人和蚊子」移動不可控，縣內已有6例登革熱病例，竹崎鄉1例快篩陽性，仍待中央研判是否確診，請民眾避免出入高風險區，外出盡量穿淺色長袖衣褲，如出現頭痛、發燒、眼窩痛等症狀，千萬不要自己吃藥，應馬上求診，保持環境清潔、倒掉積水。 嘉義縣政府昨天接獲通報，有1例外縣市本土登革熱確診者足跡，19日曾到中埔鄉探親，停留逾2小時，衛生局立即通知當地住戶，並在今天展開清消工作，針對戶外空地、果園、竹園等採集地點半徑100公尺內，完成化學熱霧噴消，提醒民眾加強自我防護。 〔記者黃淑莉／雲林報導〕雲林登革熱疫情持續延燒，今天再新增5例確診個案，累計全縣確診有244例，縣府今天召開全縣國中、小學校長會議，教育處提醒各校在開學前做好校園清消，阻絕疫情進入校園。 臺灣的醫療物資援助行動讓其國際形象（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on international relations）大幅提升，並獲得多家外國媒體報導[514]。 與此同時，蔡英文曾接受《時代》雜誌邀請撰寫專文，向國際社會分享臺灣成功防疫的經驗[515]。
（一）.國際醫療病患可透過醫療機構檢具相關資料、文件向衛生福利部提出申請（除健康檢查、美容醫學等非急迫性醫療需求外），該部將依其醫療必要性、療程延續性及風險性等原則進行審查許可，協助海外人士來臺接受必要的醫療服務[23]。 高鐵、臺鐵（觀光列車除外）、公路客運、船舶（固定餐飲區域除外）、航空器（國際及兩岸航班除外）等運具內、或郵局營業區域，禁止飲食，正式實施[13]。 2021年度累積：確診數16230例（本土14544例、境外1671例、航空器1例、調查中14例）、空號111例、843死亡。 確診地區2023 這些疫情的日子裡，我們被迫與人拉開距離，戴起口罩，不管是飲食習慣、交通外出、社交方式、工作型態、及醫療服務等各種日常生活，都產生了重大的影響，這些生活型態，是以前自由的我們完全無法事先預料的，那種連踏出家門都會感受到的壓力、恐懼感。 江明宗在個人 Medium 中表示，彙整資料取自傳染病統計資料查詢系統，每小時地圖就會自動更新，而地圖資料因為程序問題會比當天指揮中心的通報再晚一天，請民眾使用時留意。
確診地區: 疫苗接種率
臺灣還增加傳染病防疫醫師的制度與訓練、儲備口罩與防護服等防疫物資，並積極投資新興傳染病科技的研發[8]。 同時政府修法建立「傳染病防治醫療網」，主要由隔離醫院、應變醫院、支援合作醫院等三種醫院組成[9]。 5月17日，台灣本土確診病例單日新增333例（校正後為535例）[65]，總確診數也在當日突破2,000例。
2月27日，因應國際疫情緊急，行政院院長蘇貞昌宣布中央流行疫情指揮中心提升為一級開設，由陳時中擔任指揮官[57]。 3月22日，牛津-阿斯利康疫苗（AZ疫苗）開打，首波提供專責病房、負壓隔離病房或負責採檢之醫事人員接種[30]。 確診地區 指揮中心表示，如（案939）解除隔離並出院，匡列為居家隔離之7名接觸者，亦會依專家會議決議，改自主健康管理至14天期滿[21]。 2月7日，指揮中心評估部桃院內部持續感染之風險解除，前進指揮所的任務已達成，回歸原有指揮體系[16]。
確診地區: 猴痘｜海關總署規定：來自疫情地區人員 入境中國須主動申報
臺灣經歷2003年嚴重急性呼吸系統綜合症疫情後[2][3]，政府檢討防疫體系及準備工作的缺失，加強傳染病防疫醫療體系的組織，分為中央政府、地區、地方政府三級指揮架構[4]。 6月5日，台灣本土確診病例單日新增476例，確診病例新增37例死亡，並公布5月16日至6月3日經校正回歸新增本土確診35例，新增死亡案例數創單日新高[105][106]。 6月4日，台灣本土確診病例單日新增339例（校正後為345例），確診病例新增21例死亡，並公布5月22日至6月3日經校正回歸新增本土確診133例[104]。 6月3日，台灣本土確診病例單日新增364例（校正後為416例），確診病例新增17例死亡，並公布5月17日至6月2日經校正回歸新增本土確診219例[102]。
- 呼籲若關節疼痛超過2週，或持續3個月以上有晨僵、背痛情況，應盡快到過敏風濕免疫科檢查與治療。
- 為防止猴痘疫情傳入中國，及保護出入境人員的健康安全，當局要求來自猴痘疫情發生國家或地區的人員，如接觸過猴痘病例或出現發熱、寒顫、頭痛、嗜睡、乏力、背部疼痛、肌痛、淋巴結腫大、面部和身體大範圍皮疹等症狀，入境時應主動向海關申報，海關衛生檢疫人員將按程序，採取醫學措施並採樣檢測。
- 期間也發生正在大陸配偶家庭[251][252]、及申請中華民國國籍的中國大陸戶籍人士入境問題[253][254]。
衛生局指出，國內本土登革熱病例已創10年來同期次高紀錄，並出現第2例本土死亡個案，嘉義縣地鄰雲林、台南，民眾生活圈流動，威脅不容小覷。 中埔有足跡社區健康監測至9月20日，提醒民眾務必做好自我防護，隨時做好巡倒清刷才是防治不二法門。 活動期間將透過與各地方政府共同推動，由各縣市安排/指定合約醫療院所提供接種服務，並運用增設疫苗診次及設置社區接種站等方式，增進民眾接種可近性[231]。
確診地區: 確診者「0+n」：輕症免隔離，快篩陰或發病滿5天即可結束自主健康管理
12月21日，一名確診的紐西蘭籍長榮航空外籍機師感染友人，打破連續252天無「本土案例」紀錄[84][85]。 4月18日，中華民國海軍敦睦艦隊的磐石艦軍人驗出群聚感染[74]，最終36名病例[75]。 3月10日，在歷經先前包機風波後，第二批載有361名臺灣人的兩架包機從武漢市返回臺灣，並進行隔離檢疫[60][61]。 1月23日，中國武漢市疫情防控指揮部宣布暫停所有大眾運輸，市民無特殊原因不得離開[32][33]，約有470多名臺灣人滯留當地[34]。 1月22日，中華民國總統蔡英文召開國家安全高層會議，要求行政院與衛生福利部有效協調各部會及各地方政府[31]。 12月31日，疾管署得知網路正在討論武漢疫情的貼文後，基於先前防疫經驗並高度重視，且向中國疾病預防控制中心及世衛確認訊息[18][19]。
臺灣衛生福利部疾病管制署已於2023年3月20日起停止統計確診病例，實際病例將遠高於最後通報的1023.6萬例。 確診地區 根據疾管署2023年2月初推估的實際感染人口已達臺灣5至7成的人口總數，約1161萬至1626萬左右。 2021年4月20日，華航印尼籍40多歲男性貨機機師，執行運輸業務至澳洲被檢疫確診COVID-19陽性。 確診地區2023 經輾轉通報至臺灣疫情指揮中心，中心隨即啟動個案在臺活動史調查及相關接觸者匡列採檢。
確診地區: 健康網》減緩馬鈴薯發芽 專家教保存靠這2招
疾管署日前公布，國內出現俗稱「食腦變形蟲」的福氏內格里阿米巴腦膜腦炎死亡病例！ 該設施自事件曝光後隨即停業，疾管署22日公布水質檢驗結果，除了地下室積水是陽性之外，設施相關的水體都是陰性，對此結果泳池老闆無奈發聲，像是經歷第4次疫情。 嘉義縣政府昨天接獲通報，有1例外縣市本土登革熱確診者足跡，19日曾到中埔鄉探親，停留逾2小時，衛生局立即通知當地住戶，並...
在民間消費負成長下，臺灣在2020年全年經濟成長率仍有3.11%[403]，股票、房市與車市也交易熱絡[404]。 隨著車用晶片等因疫情出現缺貨潮後[405]，台灣積體電路製造等晶圓代工業者受到關注[406][407][408][409][410]。 最初疫情對臺灣的出口、民間消費與物價均造成影響，又以觀光旅遊產業受創最嚴重[383]，包括航空業、旅行社、飯店民宿業及餐飲業（英语：Impact of 確診地區2023 the COVID-19 pandemic on the food industry）[384][385]。
確診地區: 防疫新生活運動
同時行政院還成立「防疫大數據小組」，透過大數據、人工智慧、資料分析協助疫情調查與流行病學分析[354]。 全民健康保險卡及雲端系統則成為防疫網絡的關鍵基礎，在口罩分配、民眾就醫紀錄、檢疫隔離與返臺資訊等面向發揮重要功能[355]。 中央健康保險署利用現有的「健保醫療資訊雲端查詢系統」開發「即時警示系統」，醫療院所第一線人員可以即時查詢民眾的國外旅遊史、及掌握高風險職業別，亦能利用該資料庫就醫結果展開接觸者追蹤[356]。
3月24日，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）召開專家會議，決議「12至17歲」（青少年）的「基礎劑」可打「莫德納疫苗」，也可混打「BNT疫苗」，但1、2劑「間隔12週」，醫療院所應充分告知接種「莫德納」保護力，及心肌炎、心包膜炎風險，並經家長同意、醫師評估後才可接種[168]。 12月9日，台灣間隔34天後，再度出現本土個案，為中研院一名女研究員，她在實驗過程中不慎感染[136]。 11月17日，指揮中心宣布，將開放「AZ疫苗」混打「BNT」或「莫德納」疫苗，「COVID-19疫苗預約平台」意願登記或修改；若「第2劑」無混打意願仍選擇接種「AZ疫苗」的民眾，則無需再進行意願登記修改[124][125][126]。 5月22日，隨著各地醫療院所和社區篩檢站出現人潮、醫療資源與人力出現排擠效應、出現院內感染情況，逐步執行「清零計畫」、部署基層醫師至社區篩檢站、分散採檢人潮等[98][102][103]。 同時檢驗實驗室無法處理大量檢體，未能優先採檢確診接觸者[104]，因行政流程需「校正回歸」數據[105][106][107]。 4月1日，指揮中心制定兩階段「社交距離注意事項」，在兼顧民眾合理權益，並顧及境內防疫安全等雙重前提下，降低社區感染風險，分階段鼓勵或強制保持社交距離[71]。
確診地區: 嚴重特殊傳染性肺炎全球各地疫情
自2月7日0時起取消針對該院員工及前述門急診病人健保卡之「自主健康管理」註記[17][18]。 指揮中心統計，自2020年起國內COVID-19累計10,069,539例確診、18,010例死亡。 由於新制上路後，並無「居家隔離」的限制，民眾外出不須要特別經過通報或主管機關同意，因此就醫可循一般常規方式前往各級醫療院所就醫看診（如遇緊急狀況，可撥打119叫救護車前往醫院，或由親友接送、自行前往就醫）。 實際Covid-19台灣本土病例地圖來源自「疾管署傳染病統計資料查詢系統數據」，且資料都會在每小時自動嘗試更新，通常網站上看見的資料，也都會比起疫情指揮中心通報延遲一天。 根據新規定，疾管廳往後將以週為單位觀察武漢肺炎疫情走勢；此外，防疫部門預計在一段時間內持續為高危險族群提供最基本的補貼補助和檢測服務。 〔即時新聞／綜合報導〕全球疫情從肆虐到趨緩，南韓疾病管理廳（疾管廳）今宣布，將於本月31日調整武漢肺炎（新型冠狀病毒病，COVID-19）的傳染病管理級別，從目前乙類下降至最低級別的丁類。
