12月27日，指揮中心表示，歐盟執委會於2021年12月21日宣布台灣正式加入「歐盟數位新冠證明」系統。 歐盟數位新冠證明為世界性標準之一，國際成員國多且最早用於國際旅行，為使台灣民眾能加速入境歐盟等國家，將於12月28日上午8時開放台灣「數位新冠病毒健康證明」供國人下載使用[144]。 4月1日，指揮中心制定兩階段「社交距離注意事項」，在兼顧民眾合理權益，並顧及境內防疫安全等雙重前提下，降低社區感染風險，分階段鼓勵或強制保持社交距離[71]。 行政院整合各部會資料建立「智慧型防疫系統」，建立居家隔離、居家檢疫和自主健康管理機制。 5月14日，台灣新增29例本土個案（校正後為30例），其中7例找不到感染源，本土確診個案創單日新高，打破前（12）日本土確診16例的紀錄[38]。
3月8日，中央流行疫情指揮中心宣布9日起，調整與會者間適當距離及場地通風，會前提供乾洗手，媒體及工作人員皆須簽到、採固定座位，會後將進行場地及相關用具消毒，並避免以堵麥方式進行採訪[122]。 2月21日，執行第二波撤僑，鑽石公主號上的中華民國籍20人（22名國籍乘客、2名雙重國籍乘客、2名國籍船員、1名國籍隨行醫師，扣除5名確診、2名隔離）搭乘包機從東京羽田機場離開日本，於晚間抵達桃園機場，並前往醫院檢驗，無症狀者必須在檢疫所隔離14天[93]。 同日，陳時中部長表示將購買兒童口罩的年齡放寬到13歲（民國96年1月1日（含）後出生者），並自明(22)日起實施[94]。 1月16日，疾管署宣布提升中國湖北省武漢市的旅遊疫情建議至第二級警示，提醒民眾近期如前往武漢及鄰近區域，應該做好個人防護的措施[23]。
境內確診: 出現病例
在進入三級防疫警戒後，臺灣的大眾運輸、休閒場所等地的人流明顯下滑，不過日常採買仍維持基本人流[448]。 2020年2月10日，臺灣全面暫停海峽兩岸海運客運直航航線及航班，並在隔日全面禁止大陸人士入境[250]。 期間也發生正在大陸配偶家庭[251][252]、及申請中華民國國籍的中國大陸戶籍人士入境問題[253][254]。 3月28日，連續336天（2022年4月27日至2023年3月28日）新增死亡個案，創「連續新增死亡案例」最長紀錄。 2022年度累積：確診數8,830,331例（本土8,792,505例、境外37,826例）、空號11,458例、死亡14,403例。
- 2021年4月20日，中華航空發生機師確診案例，員工防疫宿舍「諾富特華航桃園機場飯店」出現群聚感染，最終累計44例[84][86][93]。
- 法新社統計8日顯示，在1月1日到7日期間，全球每日平均新增210萬6118人確診感染COVID-19，而2021年12月23日至29日期間，每日平均新增確診剛突破100萬大關，亦即確診數於10天內就翻升1倍。
- 該男性於1月27日出現咳嗽，2月3日因呼吸急促赴醫院就醫，診斷為肺炎，當日收治於負壓加護病房治療，2月15日晚間因肺炎合併敗血症死亡[81][82][83][84]。
- 指揮中心指出，近期確診個案解隔離情形，5月11日至7月18日累計公布14,210位確診個案中，已有12,348人解除隔離，解隔離人數達確診人數86.9%。
- 隨著疫情趨緩，社會工作者則依規定審核補償和紓困金並撥付給民眾，並針對生活困苦的家庭提供關懷輔導服務[431]。
5月31日，台灣本土確診病例單日新增274例（校正後為395例），確診病例新增15例死亡，並公布5月16日至30日經校正回歸新增本土確診73例[97]。 5月30日，台灣本土確診病例單日新增266例（校正後為425例），確診病例新增10例死亡，並公布5月25日至29日經校正回歸新增本土確診89例[94][95][96]。 5月29日，台灣本土確診病例單日新增320例（校正後為415例），確診病例新增21例死亡，並公布5月22日至28日經校正回歸新增本土確診166例，新增死亡案例數創單日新高[93]。 5月28日，台灣本土確診病例單日新增297例（校正後為415例），確診病例新增19例死亡，並公布5月16日至27日經校正回歸新增本土確診258例[91]，新增死亡案例數創單日新高[92]，亦超過SARS時期73例死亡人數。 5月27日，台灣本土確診病例單日新增401例（校正後為529例），確診病例新增13例死亡，並公布5月17日至26日經校正回歸新增本土確診266例[89]，新增死亡案例數創單日新高[90]。 5月26日，台灣本土確診病例單日新增302例（校正後為532例），確診病例新增11例死亡，並公布5月17日至25日經校正回歸新增本土確診331例，新增死亡案例數創單日新高[88]。
境內確診: 嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情時間線 (2021年)
原居住地在武漢的入境限制改擴大為湖北省地區（因當地部分地區已陸續封城）不准登機或入境[38]。 隨著臺灣疫情相對穩定，2020年5月20日連任就職時，總統蔡英文的民意調查滿意度達到歷史新高的71%，衛生福利部部長陳時中的滿意度則突破80%[544]。 境內確診 在中華民國政府禁止出口口罩後[546]，由於疫情持續蔓延、大陸配偶子女入境、滯留人員接返等問題，海峽兩岸民間因彼此不同的立場陷入爭論，分歧與對立日益擴大[547][548]。 歷經中美貿易戰、香港反對《逃犯條例》修訂草案運動、自身經濟發展趨緩與疫情爆發後，中美關係外交軍事角力以及臺美關係更加緊密，臺灣海峽關係趨於緊張[547][549][550]。
5月6日，指揮中心公布「華航機組員清零計畫」，自即日起執行（除檢疫時間將延長到5天，並加9天自主健康管理外，針對華航長程組員也傾向將採檢次數增為5次）。 4月24日，持續推進澳洲確診個案在臺疫調，同日新增1名回溯採檢者（案1092）。 3月22日，牛津-阿斯利康疫苗（AZ疫苗）開打，首波提供專責病房、負壓隔離病房或負責採檢之醫事人員接種[30]。 住院病人之陪病者（含照顧服務員）仍以1名為原則；訪客探視（病）每日固定1個時段，且每名住院病人每次以至多2名訪客為原則，醫院得視情形調整[19]。 境內確診 2月7日，指揮中心評估部桃院內部持續感染之風險解除，前進指揮所的任務已達成，回歸原有指揮體系[16]。
境內確診: 口罩擬再鬆綁！4月17日起僅2狀況需配戴
衛生福利部整合中央及地方政府各項防疫政策的決策過程，並將此「臺灣模式」以網站「COVID-19臺灣防疫關鍵決策網（頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）」呈現，向民眾及各國說明臺灣防疫成功因素、衛生醫療體系基礎、重大政策等[213][214]。 境內確診 交通部對多項管制措施進行鬆綁，台鐵連續假期可賣站票但有數量限制；高鐵可賣自由座；車廂、班機內恢復販售飲食與商品；觀光景區和遊樂區取消人數及車輛限制[215]。 中華職棒座位採間隔梅花座但人數不受限制，保持安全距離，可以不戴口罩，現場可以飲食、販賣食物[217]。
這次防疫充分運用智慧型科技防疫（英語：Use and development of software for COVID-19 pandemic mitigation），由行政院透過個人可識別資訊整合各部會資料庫[352]，建置出「智慧型防疫系統」[353]。 同時行政院還成立「防疫大數據小組」，透過大數據、人工智慧、資料分析協助疫情調查與流行病學分析[354]。 全民健康保險卡及雲端系統則成為防疫網路的關鍵基礎，在口罩分配、民眾就醫紀錄、檢疫隔離與返臺資訊等面向發揮重要功能[355]。 中央健康保險署利用現有的「健保醫療資訊雲端查詢系統」開發「即時警示系統」，醫療院所第一線人員可以即時查詢民眾的國外旅遊史、及掌握高風險職業別，亦能利用該資料庫就醫結果展開接觸者追蹤[356]。
境內確診: 中市新增1例本土登革熱 個案住大里曾去雲林古坑
其中負壓隔離病房便用於收治疑似病例[321]，不過當前部分病房需用於收治肺結核等隔離病患[322]。 衛生福利部並利用在各地區171家急救責任醫院設定獨立專責隔離病房，將具有風險的病患就地收治於同一區[323]。 衛生福利部還在臺灣各縣市共設定22個專責醫院，必要時可以清空醫院收治患者[324]。 各地區應變醫院則透過過往經驗及整備表單，迅速自我檢查及整備完成（英語：Impact of 境內確診2023 the COVID-19 pandemic on hospitals）[325]。 2月12日，由於新加坡、日本出現「無旅遊史確診」個案，中央流行疫情指揮中心決議以回溯方式對留存檢體追加檢驗。
5月27日，經濟部長沈榮津表示，目前台灣醫療口罩每日產能約2,000萬個，政府口罩庫存量超過2~3億片，因此6月1日起國產口罩將部分開放內外銷。 口罩開放銷售後，以健保卡購買的14天9片實名制機制仍不變，其餘將恢復自由買賣和市場機制。 沈榮津表示，廠商、通路商考慮到實名制5元，定價時每片一定會低於5元，由民眾自己選擇[201]。 但口罩業者表示：「口罩成本原料漲價已較疫情前高，若再加上運輸、包裝成本，售價恐怕會高於5元」、「希望如實反映價格，回歸市場機制後，口罩需要包裝、物流成本，且通路商也要賺錢，成本結構與往日大不相同，若政府訂定1片不得超過5元是不合理的」[202]。 境內確診2023 針對業者回饋反彈，經濟部官員解釋，實名制每片5元是作為業者自由販售定價的參考原則，並非強制定價，後續價格仍是回歸市場機制[203]。
境內確診: 本土登革熱破2千例！雲林8旬婦確診6天亡、農民不敢下田「看蚊子就怕」
隨著臺灣防疫限制鬆綁，只適度地開放低風險國家和商務往來，並允許持有「就業金卡」的高技能工作人員入境[262][263]。 2020年3月19日，進入全球大流行並在西方國家出現失控情況後，要求國民入境實施「居家檢疫14天」，外籍人士限制入境[255][256]。 5月26日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，民眾使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，不分年齡及族群，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[190]。 5月18日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，65歲(含)以上且非居家隔離、自主防疫、居家檢疫者，使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[188]。
5月16日，台灣本土確診病例單日新增206例（校正後為284例），為因應近期台灣本土疫情升溫，為利傳染病防治工作進行，指揮中心也授權各直轄市、縣（市）政府以「指揮中心記者會確診個案資料發布原則」，發布確診個案公共場所活動史[64]。 2021年4月20日，華航印尼籍40多歲男性貨機機師，執行運輸業務至澳洲被檢疫確診COVID-19陽性。 經輾轉通報至臺灣疫情指揮中心，中心隨即啟動個案在臺活動史調查及相關接觸者匡列採檢。 4月23日，臺灣相隔121天（案771－2020年12月22日本土確診）後，再次出現本土病例（案1090），為華航貨機印尼籍機師10歲多的兒子[32][33]，指揮中心啟動疫調（澳洲確診華航機師）在臺活動、接觸史。 為因應衛生福利部桃園醫院醫護人員群聚感染事件，指揮中心首次在桃園醫院成立前進指揮所，由醫療應變組副組長王必勝醫師擔任指揮官，正式啟動防治作為[5]。 7月26日，自菲律賓飛抵台灣的旅客中，台灣人及持居留證或居留簽證、移工、境外生、外交公務等外國籍人士，無論有無症狀，入境時均須於機場完成採檢，有症狀者送至集中檢疫所等候檢驗結果，無症狀者返家或至防疫旅館完成居家檢疫14天。
境內確診: 雲林爆登革熱死亡個案！ 80歲婦有慢性病史...確診6天後病逝
9月18日，指揮中心宣布，考量目前國內口罩產量已大幅提升，足夠供應每位國人所需，且有多元購買口罩管道，民眾透過實名制通路取得口罩的需求已大幅下降，因此「口罩實名制」網路/超商販售通路，將運作至第44輪後暫停服務。 藥局通路及無健保特約藥局的偏鄉衛生所，則仍持續維持實名制口罩販售服務[119]。 2021年4月20日，中華航空發生機師確診案例，員工防疫宿舍「諾富特華航桃園機場飯店」出現群聚感染，最終累計44例[84][86][93]。 3月10日，在歷經先前包機風波後，第二批載有361名臺灣人的兩架包機從武漢市返回臺灣，並進行隔離檢疫[60][61]。
