指揮中心在2020年因為擔心偽陽性造成恐慌及拖累醫療資源、以及偽陰性造成感染者未依規定隔離，一直強烈反對廣篩以及入境普篩[464]，並在2019冠狀病毒病彰化篩檢爭議事件中處罰自行篩檢的單位[465][466][467][468][469]。 在五大電信業者協助建置下，相關單位能藉由具定位功能的「防疫追蹤系統」與「電子圍籬系統」，掌握居家隔離和居家檢疫者行蹤，協助社區關懷網絡的運作[357][358]。 6月6日，台灣本土確診病例單日新增335例，確診病例新增36例死亡，並公布5月31日至6月4日經校正回歸新增本土確診8例[107]。
- 5月15日，宣布臺北市、新北市進入第三級警戒[95][96]，並宣布暫停自費接種「COVID-19疫苗」，原已預約者仍可接種[97]。
- 在五大電信業者協助建置下，相關單位能藉由具定位功能的「防疫追蹤系統」與「電子圍籬系統」，掌握居家隔離和居家檢疫者行蹤，協助社區關懷網路的運作[357][358]。
- 衛生局指出，青島里新增個案分別為80多歲及2名60多歲女性，一人因同住者確診擴大採檢被發現，另2人則在6日出現發燒、頭痛、肌肉痠痛、食慾不振、出紅疹、口乾舌燥、頭暈等登革熱疑似症狀，7日就診抽血檢驗為NS1快篩陽性，實驗室綜合檢驗結果PCR陽性。
- 12月23日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」暫時退場，並視第3劑施打潮再重啟[138][139][140]。
- （一）.國際醫療病患可透過醫療機構檢具相關資料、文件向衛生福利部提出申請（除健康檢查、美容醫學等非急迫性醫療需求外），該部將依其醫療必要性、療程延續性及風險性等原則進行審查許可，協助海外人士來臺接受必要的醫療服務[23]。
- 其中精密機械研究發展中心、金屬工業研究發展中心、工業技術研究院及各地工具機廠商組成「口罩國家隊」，2個月內組裝92條產線[282][283]，使臺灣成為世界第二大口罩生產地[284]。
- 教育部21日晚間公布最新確診學生統計，新增358例，各級學校累計達4043名學生染疫，全國共737校停課。
沈政男昨（4）日在臉書發文表示，依照目前疫情發展，5月6日的確診人數並不會突破6萬，現在Rt值約1.8到2，屆時確診數只會變成1.8至2倍，不會變成3倍。 據了解，今天新增確診人數驟增，逼近9000大關；高雄市長陳其邁今上午前往議會接受市政質詢，中途疑因疫情出現變化，備詢到一半突然告假。 首都北京罕見新增確診達兩位數，23日新增22例本土確診，這當中有5例是在校學生，也有夫妻、家人、外送員等。 新增無症狀感染者達2萬285例，其中本土為2萬230例，同樣以上海最多達1萬9657例，其次吉林省154例；境外移入55例。
確診數: 全世界確診者超過2.240億、死者超過462.5萬（9月10日）
12月23日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」暫時退場，並視第3劑施打潮再重啟[138][139][140]。 指揮官陳時中說，現在只要有預約，不管是否只剩1人都可以開新瓶使用[120][121]。 7月6日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」正式上線，並將在澎湖縣、金門縣、連江縣試辦「意願登記」[113]。 6月11日，屏東縣爆發「枋山、枋寮群聚感染事件」，進入準四級警戒，最終累計15例，本次主要病毒株「Delta」。 確診數 5月9日，宜蘭縣遊藝場、新北市蘆洲區社區、及臺北市萬華區茶藝館都出現群聚感染[86]，本土感染擴大[84]，本土感染情況快速擴大。
（一）.國際醫療病患可透過醫療機構檢具相關資料、文件向衛生福利部提出申請（除健康檢查、美容醫學等非急迫性醫療需求外），該部將依其醫療必要性、療程延續性及風險性等原則進行審查許可，協助海外人士來臺接受必要的醫療服務[23]。 指揮中心也在集檢所和防疫旅館設置綠色通道機制，讓收治在內的高風險者如嬰兒或孕婦，可以在緊急情況下快速後送救治。 衛生局長廖育瑋上午到張文祥診所，感謝張醫師及時攔截外縣市確診病例，贈送首筆通報獎勵金500元，以及100元篩檢獎勵禮券，感謝張文祥詢問求診病人的TOCC(旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚)，使用NS1快篩檢驗，發現登革熱陽性案例，及時通報攔截，議員張秀華到場感謝祝賀張文祥。
確診數: 健康醫療網
通過「青少年族群」（12-17歲）建議完成基礎劑接種且無發生嚴重不良反應者，於最後1劑基礎劑接種後5個月，接種追加劑[172]。 3月24日，「衛福部傳染病防治諮詢會預防接種組」（ACIP）召開專家會議，決議「12至17歲」（青少年）的「基礎劑」可打「莫德納疫苗」，也可混打「BNT疫苗」，但1、2劑「間隔12週」，醫療院所應充分告知接種「莫德納」保護力，及心肌炎、心包膜炎風險，並經家長同意、醫師評估後才可接種[168]。 3月22日，宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」於4月1日起2度停止運作，屆時不再提供民眾進行預約[165][166][167]。 3月8日，為方便民眾依個人接種需求查詢，「COVID-19防治一網通」已將「查詢追加劑」[159]及「查詢第1、2劑」[160]的疫苗地圖分開呈現，民眾進入地圖頁面後，可依個人喜好的廠牌及接種地點，查詢「當日」接種院所的開診情形及諮詢電話，該院所如有預約網站亦可直接連結預約[161][162]。 這個時期，總共爆發三波大規模Omicron感染事件，本土病例主要病毒株為「Omicron」亞型變異株。
臺灣經歷2003年嚴重急性呼吸系統綜合症疫情後[2][3]，政府檢討防疫體系及準備工作的缺失，加強傳染病防疫醫療體系的組織，分為中央政府、地區、地方政府三級指揮架構[4]。 4月24日，持續推進澳洲確診個案在臺疫調，同日新增1名回溯採檢者（案1092）。 1月15日，加強入境者之居家檢疫措施，入境旅客除須依原規定檢附登機前3日內檢驗報告外，亦須提供檢疫居所證明（以集中檢疫或防疫旅宿為原則，若選擇居家檢疫者，則須1人1戶且經切結）。
確診數: 防疫新生活運動
其中受到嚴重特殊傳染性肺炎疫情的影響，《公共衛生師法》的確立公共衛生師平時分別在公家機關、私人企業或自行開業來規劃服務，而在疫情發生或政府有特別需求時得以徵調[304][540]。 在這期間，衛生福利部還特別委託公共衛生學會展開「防疫新生活健康行為監測研究計劃」，希望藉由公共衛生專業了解民眾的健康行為[304][541]。 在此期間，食品藥物管理署建立「法規綠色通道」，縮短醫療器材上市時間[292]。
- 醫療院所在就診時會紀錄旅遊史、職業別、接觸史及群聚等資訊，並遵循感染管制規定（英語：Impact of the COVID-19 pandemic on international relations）進行篩檢及治療（英語：Treatment and management of COVID-19）[326]。
- 最近幾周以來，越來越多的芝加哥居民意外感染COVID-19，而且不論病例與住院人數均逐漸上升，全國目前也呈現相同趨勢。
- 6月2日，台灣本土確診病例單日新增372例（校正後為488例），確診病例新增12例死亡，並公布5月19日至6月1日經校正回歸新增本土確診177例[100][101]。
- 羅一鈞說，2名重症個案當中有一例為年僅10多歲女性，為中學生，本身有慢性病，但從未接種疫苗，經X光確診肺炎合併呼吸窘迫，正使用高流量氧氣鼻管及瑞德西韋治療；另一名個案為80多歲男性，曾接種3劑疫苗、有癌症病史，肺炎合併呼吸窘迫，正使用高流量氧氣鼻管及瑞德西韋治療。
- 2月6日，指揮中心表示，「COVID-19疫情」持續，近期重症對象「多未曾接種疫苗」或「未完成基礎劑接種」，尤其「65歲以上」（長者），應儘速完成「基礎劑」接種，以獲得保護力。
近期新冠病毒新變異株XBB.1.5再度讓疫情升溫，林口長庚醫院兒科急診主治醫師吳昌騰近日發文表示，XBB.1.5成為美國新的主要流行毒株，根據研究指出，雖然XBB.1.5的致病性沒有增加，卻更XBB.1.5更容易與人體細胞結合，因此先前接種疫苗和群體感染形成的免疫屏障，對XBB.1.5可能無效！ 他強調，XBB.1.5增加了二次感染的風險，雖然對一般人來說二次感染會較輕微，不過，免疫力低落的人要特別注意。 確診數2023 中央疫情指揮中心今（5）日宣佈有本土確診31078例，境外移入436例，總共31514例確診（包含45例死亡）。 指揮中心16日公布最新規定，17日起若密切接觸者已打滿3劑疫苗，且快篩呈現陰性，則不用進行居家隔離，改採取7天自主防疫。 泰國公共衛生部門估計，泰國將近7000萬人口有近5成的人獲得對COVID-19免疫力，不過這和泰國政府期望的8成仍有一段距離。 確診數2023 12歲至17歲未成年者超過65%、超過180萬人至少接種2劑疫苗，但完成第3劑接種人數僅21.2萬人，在12到17歲適用對象中僅占12.9%。
確診數: 今日新增45269例本土、57例死亡！BA.5何時進入高峰？專家曝關鍵時間點「死亡人數恐破百」
12月27日，指揮中心表示，歐盟執委會於2021年12月21日宣布台湾正式加入「歐盟數位新冠證明」系統。 歐盟數位新冠證明為世界性標準之一，國際成員國多且最早用於國際旅行，為使台湾民眾能加速入境歐盟等國家，將於12月28日上午8時開放台湾「數位新冠病毒健康證明」供國人下載使用[144]。 11月17日，指揮中心宣布，將開放「AZ疫苗」混打「BNT」或「莫德納」疫苗，「COVID-19疫苗預約平台」意願登記或修改；若「第2劑」無混打意願仍選擇接種「AZ疫苗」的民眾，則無需再進行意願登記修改[124][125][126]。 9月18日，指揮中心宣布，考量目前國內口罩產量已大幅提升，足夠供應每位國人所需，且有多元購買口罩管道，民眾透過實名制通路取得口罩的需求已大幅下降，因此「口罩實名制」網路/超商販售通路，將運作至第44輪後暫停服務。
民眾自國外入境時，如有發燒、咳嗽等不適症狀，應主動通報檢疫人員，並配合防疫措施；入境後應落實居家檢疫，期間如出現疑似症狀，請主動聯繫衛生局或各縣市關懷中心，並依指示就醫，勿搭乘大眾運輸工具。 就醫時請告知醫師旅遊史、職業別、接觸史及是否群聚(TOCC)，以供及時診斷通報[29]。 今天新增的2例死亡個案分別為本土及境外移入病例，指揮中心醫療應變組副組長羅一鈞表示，本土病例是一名70多歲男性，曾接種2劑疫苗、有癌症病史，4月13日因接觸者採檢陽性，個案本因癌症住院，癌症轉移多重器官衰竭，家屬採安寧治療，並未入住加護病房，染疫肺炎持續惡化死亡。 指揮中心5月16日公布最新規定，若密切接觸者已打滿3劑疫苗，且快篩呈現陰性，則不用進行居家隔離，改採取7天自主防疫。 【居家照護】本土「輕症或無症狀確診者」可以進行居家照護，不過須符合「年齡69歲以下、未懷孕」2項條件；另外，69歲以下居家照護者不可以獨居。 5月4日，指揮中心有條件允許血液透析無症狀或輕症者，實施居家照護，但需要在指定院所進行透析治療。
確診數: 台灣碳交易採「自願減量」！遭質疑無法與歐盟接軌 環保署說話了
疾病管制署設有防疫醫師，蒐集疫情訊息並評估風險、規劃包機與郵輪專案、協助公共衛生與臨床聯繫、及參與疫情調查和防治等[310]。 地方政府衛生局、衛生所等衛生單位亦進行社區衛生教育工作，發動民眾以志工方式協助，逐漸建立臺灣社區防疫網[311]。 中央流行疫情指揮中心還成立疫情關懷中心，並有600多位退休的護理專業志工報名[313]。 疾病管制署亦將疫諮詢專線的客服人員增加至300人，平均每日進線電話9,000多通，最高曾達47,000通[314]。
2021年度累積：確診數16,230例（本土14,544例、境外1,671例、航空器1例、調查中14例）、空號111例、843死亡。 11月25日，指揮中心宣布，接種第1劑「AZ」滿8週者，無論是否登記混打意願，都可向醫院預約混打「BNT」或「莫德納」[127][128][129]。 8月23日，新北市爆發「幼兒園及社區群聚感染事件」，進入強化二級警戒，最終累計33例，本次主要病毒株「Delta」。 6月25日，宣布為有效利用「COVID-19疫苗」，針對當日最後一瓶疫苗開瓶的剩餘劑量，可由接種單位規劃候補名單機制[112]。 5月22日，隨著各地醫療院所和社區篩檢站出現人潮、醫療資源與人力出現排擠效應、出現院內感染情況，逐步執行「清零計畫」、部署基層醫師至社區篩檢站、分散採檢人潮等[98][102][103]。 同時檢驗實驗室無法處理大量檢體，未能優先採檢確診接觸者[104]，因行政流程需「校正回歸」數據[105][106][107]。
確診數: 全世界確診者超過6.150億、死者超過652.9萬（9月15日）
在疫情初期，近十臺電視頻道、YouTube、網路媒體便重複播放防疫宣導廣告（英語：Public service announcement），從各層面教育民眾一起防範疫情[418]。 在疫情初期，儘管民間一度出現搶購口罩、酒精、衛生紙等物資情況[419][420]，亦有民眾發起「我OK，你先領」口罩禮讓運動[421]。 其後民眾大多加強落實量測體溫、配戴口罩、保持清潔、保持社交社交距離等，公共場所和業者亦提供消毒搓手液及裝置、設定隔板、出入實名制/連名制登記、人流管制及環境消毒等防疫措施[423]。 由於禁止旅客入境及居家工作模式，大眾運輸（英語：Impact of the COVID-19 pandemic on public transport）站點的搭乘人數大幅度減少[397][424]，不過公園造訪率則增加[425]。 2020年4月，有民眾發起募資行動，將「Taiwan Can Help」的精神刊登廣告在《紐約時報》[426][427]。 2021年5月，在雙北防疫警戒提升至第三級，有民眾於網路上提出「看好了世界」口號[428][429]。
中央流行疫情指揮中心則發起「護臺灣，助世界」的口罩人道援助活動，民間企業亦有捐贈行動（英语：Charitable activities related to the COVID-19 確診數 pandemic）[501]。 根據統計，臺灣共捐贈超過5,000萬枚口罩、131臺熱像儀、35,000支額溫槍、250組體溫量測系統等相關醫療設備[502]。 2020年3月，有些政治人物和學者開始擔憂部份防疫政策過度侵犯人權、且部份行政命令沒有法源依據；「防疫視同作戰」的口號造成各種嚴厲手段無限上綱[455][456]。
確診數: 全世界確診者超過1.649億、死者超過342.0萬（5月19日）
臺灣決定對全球流行性傳染病採取積極防治作為（英语：Pandemic predictions and preparations prior to the COVID-19 pandemic），推動《傳染病防治法》修正，並配修正或新定施行細則及其他法規命令[5]。 其中新設中央指揮體系的「國家衛生指揮中心」、及透過法制程序授權成立下屬的「中央流行疫情指揮中心」，統整資源、設備、人力來讓防疫決策一致化[6]。 6月1日，台灣本土確診病例單日新增262例（校正後為332例），確診病例新增13例死亡，並公布5月23日至31日經校正回歸新增本土確診65例[98]，而5月期間累計本土確診突破7,000例，佔國內總本土確診累計病例達99%[99]。 5月28日，台灣本土確診病例單日新增297例（校正後為415例），確診病例新增19例死亡，並公布5月16日至27日經校正回歸新增本土確診258例[91]，新增死亡案例數創單日新高[92]，亦超過SARS時期73例死亡人數。 5月22日，台灣本土確診病例單日新增321例（校正後為473例），確診病例新增2例死亡，並公布5月16日至21日經校正回歸新增本土確診400例[79]，這是指揮中心首次以「校正回歸」新增之前數日的本土確診病例數[80]。
電子商務平臺、物流業、外送平臺等宅經濟營業額明顯增加[265][316][395]，串流影音平臺和在家工作需求提升[396]，燃油機車和汽車銷售亦有增長[397]。 而在口罩業者推出多款口罩後，帶動防疫物資成為時尚產業（英語：Impact of the COVID-19 pandemic on the music industry）的風潮[398]。 到了2020年6月，零售業（英語：Impact of the COVID-19 pandemic on retail）及餐飲業表現也有所回升[399]、失業率下降[400][401][402]。 在民間消費負成長下，臺灣在2020年全年經濟成長率仍有3.11%[403]，股票、房市與車市也交易熱絡[404]。
確診數: 全世界確診者超過2.192億、死者超過455.0萬（9月2日）
期間也發生正在大陸配偶家庭[251][252]、及申請中華民國國籍的中國大陸戶籍人士入境問題[253][254]。 2019年12月31日，疾病管制署依標準作業程序啟動邊境應變措施，對武漢市直航入境的班機登機檢疫[245]。 確診數 2月20日，實行「811天」的室內口罩令正式放寬，並剩下在「指定場所」的室內空間（包括醫療機構、醫事機構、老人福利機構、長照服務機構、榮譽國民之家、兒少服務機構、身心障礙服務機構、公共運輸及特定運具等8類指定場所），仍須全程佩戴口罩[228][229][230]。
不過謝思民認為，有些專家擔憂BF.7會為全球疫情帶來「更大風險」，他倒覺得不至於，層出不窮的病毒變種，只是更加證實新冠疫情不會結束，所以人類要學習與之長久並存，在防疫、正常生活、恢復經濟活動、保存醫療量能中找到平衡。 疾管署同時宣布，考量近期機構住民篩檢陽性率於1.4%-1.6%間，且住宿式機構照顧較多慢性病及重症高風險族群的長者，應維持警惕避免發生機構群聚感染風險，故延長一般護理之家及老人福利機構定期執行COVID-19公費快篩之措施，「服務對象仍維持快篩頻率為每週一次，至今年6月30日止」。 洪子仁提醒，包括年長者、沒有打滿3劑、有共病和幼童等4類風險較高的族群要特別注意；由於現在處於與病毒共存的狀態，國內自然感染和確診人數都在一定比例之上，他建議，每個人這段時間出門最好口罩戴好，一直持續到6月。
確診數: 全世界確診者超過2.423億、死者超過493.3萬（10月20日）
根據指揮中心「各縣市區域每日新增確診圖」最新資料顯示，截至7/2為止，台灣累計病例數達387萬0528例。 累計確診數前十名鄉鎮市區集中在北部，前三名皆位於新北市，以板橋區12萬4080人最多，依次是新莊區9萬6498人、中和區9萬6482人。 在疫情初期，近十臺電視頻道、YouTube、網路媒體便重複播放防疫宣導廣告（英语：Public service announcement），從各層面教育民眾一起防範疫情[418]。 其後民眾大多加強落實量測體溫、配戴口罩、保持清潔、保持社交社交距離等，公共場所和業者亦提供消毒搓手液及設備、設置隔板、出入實名制/連名制登記、人流管制及環境消毒等防疫措施[423]。 由於禁止旅客入境及居家工作模式，大眾運輸（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on public transport）站點的搭乘人數大幅度減少[397][424]，不過公園造訪率則增加[425]。 中央流行疫情指揮中心會經由疫情調查追蹤與確診案例密切接觸者，匡列可能範圍[309]。
