嚴重特殊傳染性肺炎的病原體亦已經出現至少2次變異，傳染性亦急劇增強[51][52]。 目前對病毒的研究仍存在知識差距，包括病毒來源、病毒發源地等關鍵因素仍不能確定[53]。 疫情何時開始2023 支持性療法是目前的主要治療方法[55]，已知可以對輕症患者使用瑞德西韋[56][57]或是帕克斯洛維德、莫納皮拉韋，隨2021年起上述幾種廣譜抗病毒藥物的核准，新型口服藥的投入也能降低轉重以致死亡的概率；重症患者則可以使用地塞米松等糖皮質激素進行治療[58][59]。 嚴重特殊傳染性肺炎疫情[11][註 4]是由嚴重急性呼吸道症候群冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）導致的嚴重特殊傳染性肺炎（COVID-19）所引發的全球大流行疫情[12]。 該疾病在2019年末於中華人民共和國湖北省武漢市首次報告，隨後在2020年初全球多國報告發現病例，逐漸變成一場全球性大瘟疫[13]。
同日，諾瓦瓦克斯醫藥(Novavax)為其疫苗進入了FDA快速通道申請[184]。 分子鐘分析表明，指示病例很可能在2019年10月中旬至11月中旬之間被感染[159][160]。 亦有學者認為病毒自然宿主可能是蛇[95]，但受到廣泛質疑[96][97][98][99]。
疫情何時開始: 嚴重特殊傳染性肺炎臺灣疫情
2月13日，經濟部宣佈禁止口罩出口與徵用口罩政策，時限由原先的2月23日延長至4月底，未來再視疫情情況調整[78]。
自旅遊疫情建議第三級以外國家、地區入台短期停留之外來人士無健保卡者，於入境後發病，除需自付門急診醫療費用外，也需自付檢驗費用[134]。 因近期台灣境外移入個案數攀升，將往回追溯3月3日至14日期間所有自歐洲入境者，並針對其中可能之對象進行檢驗[135]。 目前研究表明，SARS-CoV-2最早可能於2019年10月至11月進入人類社會生活並開始傳播[18][19][20]，而目前明確已知的首宗感染個案於2019年12月1日在武漢市發病[21][註 3]。 12月26日，武漢市呼吸與重症醫學科醫生張繼先最早發現和上報此不明原因肺炎，並懷疑該病屬傳染病[25][26][27]。 2020年1月13日起，疫情陸續蔓延到泰國、日本及韓國等相鄰國家[28][29][30]，至1月21日則波及到亞洲以外的美國西雅圖[31]。 1月23日，武漢市新冠肺炎疫情防控指揮部宣布採取疫區封鎖隔離措施[32][33]，這是近代公共衛生史上第一次對千萬人口規模的大城市採取封鎖措施[34]。
疫情何時開始: 死亡率
2021年1月8日疫情中心檢疫結果公布，除1+3名確診（舊案－案342與案787、案791、案799）案例外，其餘212人均呈陰性，至此「英國專案」宣布結案。 12月23日起具英國旅遊史旅客，將全數入住集中檢疫所，入住後與期滿前會各採檢一次[246]。 至2021年1月8日止，總計英國變種病毒確診者有5例（案791、案792、案793、案799及後續新增的案804）。 3月25日，中央流行疫情指揮中心宣布自即日起，室內超過100人以上、室外超過500人以上的公眾集會活動建議停辦，以減低社區感染的風險[149]。 第2批武漢包機返台361人已於今日清晨解除隔離，其中140人由親友接送、221人搭乘交通部安排的遊覽車至定點後各自返家[151]。
如於2月22日以後接種第1劑(可擇定「BioNTech」或「Novavax」COVID-19疫苗)，但後續第2劑請以「Novavax疫苗」銜接接種[227]。 5月26日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，民眾使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，不分年齡及族群，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[190]。 5月18日，正式實施修訂「2019年冠狀病毒病」定義，65歲(含)以上且非居家隔離、自主防疫、居家檢疫者，使用家用抗原快篩試劑檢測結果陽性，經醫事人員確認，或由醫事人員執行抗原快篩結果陽性者，即可研判為確定病例[188]。 並宣布「COVID-19公費疫苗預約平台」提供「定期預約」，開放18歲以上預約接種「追加劑」[158]。
疫情何時開始: 確診病例年齡及性別分佈
在此期間，食品藥物管理署建立「法規綠色通道」，縮短醫療器材上市時間[292]。 在食品藥物管理署專案輔導下，廠商能在短時間內提升相關醫療物資的產線[293]。 在疾病管制署提出高達900萬件防護服需求後，紡織業者共同組成「防護衣國家隊」，調度生產隔離服、防護服的產線，並在機能布料研究基礎開發出第一件P3等級防護服[294][295][296]。 中央流行疫情指揮中心還和廠商協調「羥氯奎寧」使用分配權[297]，外界則呼籲政府應籌組生產呼吸機的「呼吸器國家隊」[298][299]。 另一方面，後來新北市「加利」和彰化縣「豪品」口罩工廠先後被發現混充大陸口罩[300]。
6月4日，台灣本土確診病例單日新增339例（校正後為345例），確診病例新增21例死亡，並公布5月22日至6月3日經校正回歸新增本土確診133例[104]。 6月3日，台灣本土確診病例單日新增364例（校正後為416例），確診病例新增17例死亡，並公布5月17日至6月2日經校正回歸新增本土確診219例[102]。 6月2日，台灣本土確診病例單日新增372例（校正後為488例），確診病例新增12例死亡，並公布5月19日至6月1日經校正回歸新增本土確診177例[100][101]。 5月31日，台灣本土確診病例單日新增274例（校正後為395例），確診病例新增15例死亡，並公布5月16日至30日經校正回歸新增本土確診73例[97]。
疫情何時開始: 衛生機構
中央流行疫情指揮中心的任務編組分成情報、作戰、後勤三大單位[238]。 臺灣醫療體系自此重視感染管制措施，將院內感染管制列為例行醫院評鑑中的查核項目[10]。 疫情何時開始2023 醫界配合建立完善的傳染病監測系統，並擴充疾病管制署、中央實驗室和合約實驗室的檢驗能量[11]。 經歷嚴重急性呼吸道症候群、H1N1新型流感疫情後，臺灣民眾也建立起勤洗手、戴口罩、量體溫等良好衛生習慣[12]。 臺灣納入世界衛生組織《國際衛生條例》運作機制後，可以查詢世界各地的疫情資訊，並持續交流防疫策略[13]。
在歐洲中部時間1月30日舉行第三次緊急委員會會議後，世界衛生組織正式宣布該次疫情構成國際公共衛生緊急事件，使嚴重特殊傳染性肺炎疫情成為有史以來第6例國際關注公共衛生緊急事件[11]。 1月20日，中華人民共和國國家衛生健康委員會發佈公告，新型冠狀病毒感染的肺炎納入法定乙類傳染病，採取甲類傳染病的預防、控制措施（簡稱乙類傳染病甲類管理）[173]。 這一發現比美洲大陸官方宣布的第一例嚴重特殊傳染性肺炎確診病例，2020年1月21日美國確診第一例嚴重特殊傳染性肺炎病例早兩個月，比巴西政府宣布的2020年2月底出現的嚴重特殊傳染性肺炎確診病例早了三個月[20][註 6]。 指揮中心在2020年因為擔心偽陽性造成恐慌及拖累醫療資源、以及偽陰性造成感染者未依規定隔離，一直強烈反對廣篩以及入境普篩[464]，並在2019冠狀病毒病彰化篩檢爭議事件中處罰自行篩檢的單位[465][466][467][468][469]。 根據中央流行疫情指揮中心的數據模擬，戴上口罩或保持社交距離能避免醫療體系崩壞[315]。 若到了第四級疫情警戒，則進入非必要不得外出（英语：Cocooning (behaviour)）、全面停班停課、指定區域封鎖（英语：COVID-19 lockdowns）的階段[95]。
疫情何時開始: 嚴重特殊傳染性肺炎疫情
通過「青少年族群」（12-17歲）建議完成基礎劑接種且無發生嚴重不良反應者，於最後1劑基礎劑接種後5個月，接種追加劑[172]。 2020年12月1日，啟動「秋冬防疫專案」，強化「邊境檢疫」、「社區防疫」及「醫療應變」措施。 邊境檢疫：所有入境及轉機旅客登機前須附3日內COVID-19核酸檢驗報告；社區防疫：出入八大類場所應佩戴口罩，經勸導不聽者依法開罰；醫療應變：加強通報採檢，訂定獎勵指標[82][83]。 2月12日，由於新加坡、日本出現「無旅遊史確診」個案，中央流行疫情指揮中心決議以回溯方式對留存檢體追加檢驗。 2020年1月21日，中央流行疫情指揮中心宣布臺灣確診首例境外移入個案[28][29]，是全世界首例非中國大陸籍確診個案[30]。
隨著疫情發展及醫療治療介入需要，專家諮詢小組亦邀集不同專業的醫界人士組成討論[236]。 在疫情期間，許多在前線指揮的醫療公共衛生人員均曾經歷過嚴重急性呼吸道症候群疫情[237]。 自12月23日零時起，因應英國疫情嚴峻且病毒出現變異，自英國入境及過去14日有英國旅遊史者皆至集中檢疫所進行居家檢疫[245]。 另外，針對（12月13日至22日具英國旅遊史）的入境旅客共計216人，將進行回溯採檢。
疫情何時開始: COVID-19 防疫關鍵決策時間軸
4月1日，指揮中心制定兩階段「社交距離注意事項」，在兼顧民眾合理權益，並顧及境內防疫安全等雙重前提下，降低社區感染風險，分階段鼓勵或強制保持社交距離[71]。 所有大眾運輸系統，全面量測體溫，體溫合格者且必須戴口罩才能進入[72]。 8月17日，彰化縣衛生局長葉彥伯主動採驗無症狀居家檢疫者，而後被檢疫者確診，由於不符合指揮中心篩檢作業程式，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中同日下令政風處調查採檢流程是否符合程序及採檢理由，引發爭議[234][235]。 4月1日，指揮中心制定公布兩階段「社交距離注意事項」，在兼顧民眾合理權益，並顧及境內防疫安全等雙重前提下，降低社區感染風險，分階段鼓勵或強制保持社交距離[158]。 所有大眾運輸系統，包含高鐵、台鐵、航空、公路、郵局服務，全面量測使用者體溫，體溫合格者且必須戴口罩才能進站或搭車、進入服務區[159]。
地方政府衛生局、衛生所等衛生單位亦進行社區衛生教育工作，發動民眾以志工方式協助，逐漸建立臺灣社區防疫網[311]。 疫情何時開始 環保清潔隊、中華民國國軍化學兵及民間業者則能執行消毒工作控制疫情[312]。 中央流行疫情指揮中心還成立疫情關懷中心，並有600多位退休的護理專業志工報名[313]。 疾病管制署亦將疫諮詢專線的客服人員增加至300人，平均每日進線電話9,000多通，最高曾達47,000通[314]。
疫情何時開始: 中國減半徵收印花稅、樓市「認房不認貸」 股市衝高後快速回落
歷經中美貿易戰、香港反對《逃犯條例》修訂草案運動、自身經濟發展趨緩與疫情爆發後，中美關係外交軍事角力以及臺美關係更加緊密，臺灣海峽關係趨於緊張[547][549][550]。 臺灣的醫療物資援助行動讓其國際形象（英语：Impact of the COVID-19 pandemic on international relations）大幅提升，並獲得多家外國媒體報導[514]。 到了2021年，儘管七大工業國組織外長會議支持臺灣參與世界衛生大會[496]，臺灣仍未參與獲邀參加該年度世界衛生大會[497]。
香港特首林鄭月娥宣佈大幅削減來往中國大陸交通服務，包括關閉高鐵西九龍站，暫停所有來往香港和中國大陸的高鐵、輪渡服務。 同日，武漢市公安局通報稱，8名網友因發佈不實信息被「依法查處」，其中包括李文亮。 為應對學校停課，聯合國教科文組織（UNESCO）建議使用遠距教學計劃以及開放教育資源應用程序和平台，學校和教師可利用該平台和平台遠程接觸學習者並限制教育的中斷[265]。 4月中旬，該變體首次在英國被發現，兩個月後，它在那裡轉移到第三波，迫使政府推遲了原定於6月重新開放的時間[189]。 11月9日，輝瑞公佈了一種候選疫苗的試驗結果，顯示出90%的抗感染效果[183]。
疫情何時開始: 病毒媒介來源
同日，全國醫院與長照機構，自即日起至6月8日止（共計4週），除例外情形，停止開放探病及探視，住院病人之陪病者及長照機構住民陪伴者仍為1人[36]。 2021年4月20日，華航印尼籍40多歲男性貨機機師，執行運輸業務至澳洲被檢疫確診COVID-19陽性。 經輾轉通報至臺灣疫情指揮中心，中心隨即啟動個案在臺活動史調查及相關接觸者匡列採檢。 4月23日，臺灣相隔121天（案771－2020年12月22日本土確診）後，再次出現本土病例（案1090），為華航貨機印尼籍機師10歲多的兒子[32][33]，指揮中心啟動疫調（澳洲確診華航機師）在臺活動、接觸史。 在疫情初期，近十臺電視頻道、YouTube、網路媒體便重複播放防疫宣導廣告（英语：Public service announcement），從各層面教育民眾一起防範疫情[418]。 疫情何時開始 其後民眾大多加強落實量測體溫、配戴口罩、保持清潔、保持社交社交距離等，公共場所和業者亦提供消毒搓手液及設備、設置隔板、出入實名制/連名制登記、人流管制及環境消毒等防疫措施[423]。
放寬精神科病房探視，在相關防疫措施及限定條件下親友可預約探視，訪客與病人仍需全程佩戴口罩[199]。 5月10日，台灣超過28天（2個14日潛伏期）沒有本土病例，以公衛立場來看屬於相當安全的社區[189]。 4月30日，因應即將到來的五一連假，指揮中心推出「COVID-19疫情期間民眾假期生活防疫指引」[182]。 此外，隨著境內疫情趨緩，為了讓民眾逐步回歸正常生活，將啟動「防疫新生活運動」，希望民眾在維持個人防疫措施的情況下，可以放心參與各項戶外活動。 實施細節與啟動時間，將邀集相關部會進行討論後，於近期對外公布[183]。 4月21日，過去14天如有東南亞地區旅遊史，返台前需先通報，如家中有慢性病、年長者、幼童、無檢疫專用獨立套房，一律入住防疫旅館[176]。
疫情何時開始: 本土疫情大規模爆發（三級警戒）
在美國，美國疾病控制與預防中心同樣通過血清抗體陽性法進行檢測，結果表明截至2020年9月底，全美可能感染SARS-CoV-2的居民則為當時美國確診病例的八倍[249][250]。 2020年10月5日，世界衛生組織表示，根據「最確切推算」，全球約10%的人口可能已感染病毒[41][42]，而當時全球確診病例只有3300萬例，約占全球總人口的0.4%。 2020年1月20日，即中國武漢一日通報超過100宗新增個案後，香港大學新發病毒性疾病學講座教授管軼認為武漢市政府未查出病毒感染源頭及傳播途徑，故未能成功控制疫情，導致肺炎疫情擴大，憂慮今後有機會出現超級傳播者，令個案再次大幅增加[213]。 疫情何時開始2023 香港中文大學系統科講座教授許樹昌指病例大增相信是因為外圍醫院開始快速測試[214]，同時表示此次肺炎疫情大約有1/4是嚴重個案，與2003年SARS事件的比例類似，但評估傳播力較SARS更弱[215]。 同時，雖然機率相當低，但該病亦已經被發現可以通過被通過人近距離接觸污染的物品表面等環境因素傳播，時間相當短暫。 [48]它比中東呼吸症候群（MERS）或嚴重急性呼吸道症候群（SARS）的疫情更難控制[49][50]。
